Dell AMD EPYC 7662 / NVIDIA Tesla A100

Softwares Instalados

Categoria: Química/Física

Yambo
Versão	5.3.0, 5.1.1, 5.0.4
Descrição	YAMBO implements Many-Body Perturbation Theory (MBPT) methods (such as GW and BSE) and Time-Dependent Density Functional Theory (TDDFT), which allows for accurate prediction of fundamental properties as band gaps of semiconductors, band alignments, defect quasi-particle energies, optics and out-of-equilibrium properties of materials.
Documentação	Documentação do Yambo
Licença	PUBLIC
Localização	http://www.yambo-code.org/

Como usar

- Opções de módulos de ativação para uso:

Yambo 5.3.0

module load yambo/cenapad-gnu-openmpi

     Compilador: GNU GCC-15.2.0
    Executáveis: /opt/pub/yambo/5.3.0/gcc/15.2.0/bin
       Recursos: OpenMPI, Intel MKL, HDF5, LIBXC, FFTW3, NETCDF, PETSC, SLEPC, IOTK, ETSF-IO, DEVICEXLIB

Yambo 5.1.1

yambo/5.1.1-gnu-openmpi

     Compilador: GNU GCC-9.4.0
    Executáveis: /opt/pub/yambo/5.1.1/gcc/9.4.0/bin
       Recursos: OpenMPI, Intel MKL, HDF5, LIBXC, FFTW3, NETCDF, PETSC, SLEPC, IOTK

Yambo 5.0.4

module load yambo/5.0.4-gcc-9.4.0-mvapich2

     Compilador: GNU GCC-9.4.0
    Executáveis: /opt/pub/yambo/5.0.4/gcc/9.4.0-mvapich2/bin
       Recursos: MVAPICH, MKL, HDF5, NETCDF, LIBXC

module load yambo/5.0.4-gcc-9.4.0

     Compilador: GNU GCC-9.4.0
    Executáveis: /opt/pub/yambo/5.0.4/gcc/9.4.0/bin
       Recursos: OPENMPI, MKL, HDF5, NETCDF, LIBXC

Exemplo de script de submissão de um job:

#!/bin/bash

### Nome da fila de execução ###
 #PBS -q par128

### Nome do job ###
 #PBS -N teste

### Nome do arquivo de saida ###
 #PBS -o saida

### Nome do arquivo de erros ###
 #PBS -e erros

### Recursos necessarios para execução:     ###

###   nodes=   Numero de nos computacionais ###

###   ppn=     Numero de processos por no   ###

### Total de processos = nodes X ppn        ###
 #PBS -l nodes=1:ppn=128

cd $PBS_O_WORKDIR

echo "-----------------------------------------"

echo "Inicio do job:" `date`

### Configura ambiente para execução do Yambo ###

module load yambo/cenapad-gnu-openmpi

export OMP_NUM_THREADS=2

### A opção -np indica o numero total de processos.  ###

mpirun -np 64 yambo -F dados_entrada.in

echo "Final do job:" `date`

echo "-----------------------------------------"