Dell AMD EPYC 7662 / NVIDIA Tesla A100

Softwares Instalados

Categoria: Química/Física

Quantum Espresso
Versão
Descrição Integrated suite of Open-Source computer codes for electronic-structure calculations and materials modeling at the nanoscale. It is based on density-functional theory, plane waves, and pseudopotentials.
Documentação Users Manual
Licença Open-Source
Localização https://www.quantum-espresso.org/

Como usar

Instalações do Quantum Espresso no ambiente:

- Opções de módulos de ativação para uso:
Versão Espresso 7.2 com Intel OneAPI-2023.2.1, Intel MPI, Intel MKL, HDF5, LIBXC, FFTW3 e Environ

module load espresso/cenapad-intel-mkl

Versão Espresso 7.2 com AMD AOCC-4.2.0, OpenMPI, AMD AOCL, HDF5, LIBXC e Environ

module load espresso/cenapad-aocc-aocl

module load espresso/6.8-intel-2022.0.1       Intel OneAPI-2022.0.1/Intel MPI/Intel MKL
module load espresso/6.8-intel-2021.3.0       Intel OneAPI-2021.3.0/Intel MPI/Intel MKL/HDF5/LIBXC
module load espresso/6.8-gcc-9.4.0            GNU GCC-9.4.0/OpenMPI/Intel MKL/HDF5/LIBXC
module load espresso/6.8-gcc-9.4.0-openblas   GNU GCC-9.4.0/OpenMPI/OpenBLAS
module load espresso/6.8-aocc-3.1.0           AMD AOCC-3.1.0/OpenMPI/AMD AOCL

- Executáveis disponíveis nas pastas:

/opt/pub/espresso/7.2/intel/2023.2.1/bin
/opt/pub/espresso/7.2/aocc/4.2.0/bin
/opt/pub/espresso/6.8/intel/2022.0.1/bin
/opt/pub/espresso/6.8/intel/2021.3.0/bin
/opt/pub/espresso/6.8/gcc/9.4.0/bin
/opt/pub/espresso/6.8/gcc/9.4.0-openblas
/opt/pub/espresso/6.8/aocc/3.1.0/bin

Exemplo de script de submissão de um job na fila 'par128':

#!/bin/bash
### Nome da fila de execucao ###
#PBS -q par128

### Nome do job ### 
#PBS -N teste 

### Nome do arquivo de saida ###
#PBS -o saida

### Nome do arquivo de erros ###
#PBS -e erro

### Recursos necessarios para execucao:     ###
###   nodes=   Numero de nos computacionais ###
###   ppn=     Numero de processos por no   ###
### Total de processos = nodes X ppn        ###
#PBS -l nodes=1:ppn=128 

cd $PBS_O_WORKDIR
echo "-----------------------------------------"
echo "Inicio do job:" `date`

### Configura o ambiente para executar o Espresso ### 

module load espresso/cenapad-intel-mkl

### Criar subdiretorio para os temporarios gerados

mkdir -p /work/$USER

### A opcao -np indica o numero total de processos.  ###

mpirun -np 128 pw.x < input.in > resultados

echo "Final do job:" `date`
echo "-----------------------------------------"

Exemplo de script de submissão de um job na fila 'par128':

#!/bin/bash
### Nome da fila de execucao ###
#PBS -q par128

### Nome do job ### 
#PBS -N teste 

### Nome do arquivo de saida ###
#PBS -o saida

### Nome do arquivo de erros ###
#PBS -e erro

### Recursos necessarios para execucao:     ###
###   nodes=   Numero de nos computacionais ###
###   ppn=     Numero de processos por no   ###
### Total de processos = nodes X ppn        ###
#PBS -l nodes=1:ppn=128 

cd $PBS_O_WORKDIR
echo "-----------------------------------------"
echo "Inicio do job:" `date`

### Configura o ambiente para executar o Espresso ### 

module load espresso/6.8-gcc-9.4.0

### Criar subdiretorio para os temporarios gerados

mkdir -p /work/$USER

### A opcao -np indica o numero total de processos.  ###

mpirun -np 128 pw.x < input.in > resultados

echo "Final do job:" `date`
echo "-----------------------------------------"

Exemplo de script de submissão de um job na fila 'paralela':

#!/bin/bash
### Nome da fila de execucao ###
#PBS -q paralela

### Nome do job ### 
#PBS -N teste 

### Nome do arquivo de saida ###
#PBS -o saida

### Nome do arquivo de erros ###
#PBS -e erro

### Recursos necessarios para execucao:     ###
###   nodes=   Numero de nos computacionais ###
###   ppn=     Numero de processos por no   ###
### Total de processos = nodes X ppn        ###
#PBS -l nodes=2:ppn=128 

cd $PBS_O_WORKDIR
echo "-----------------------------------------"
echo "Inicio do job:" `date`

### Configura o ambiente para executar o Espresso ### 

module load espresso/cenapad-aocc-aocl

### Criar subdiretorio para os temporarios gerados

mkdir -p /work/$USER

### A opcao -np indica o numero total de processos.  ###

mpirun -np 256 pw.x < input.in > resultados

echo "Final do job:" `date`
echo "-----------------------------------------"

Preparação do arquivo de Input

IMPORTANTE : incluir no arquivo de input as diretivas :

 outdir = '/work/login_do_usuario'
 wfcdir = '/work/login_do_usuario'


OBS: Os arquivos nessa área temporária, ficarão disponíveis por no máximo
15 dias, contados a partir da data de criação do arquivo.