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Softwares Instalados

Categoria: Química/Física

HONPAS
Versão 2.0 (SIESTA-4.1.5)
Descrição HONPAS (Hefei Order-N Packages for Ab initio Simulations) is an ab initio electronic structure calculation software package for linear scaling first-principles density functional theory (DFT) calculations of large-scale systems with standard norm- conserving pseudopotentials and numerical atomic orbitals (NAOs) under the periodic boundary conditions. HONPAS is developed in the framework of the SIESTA methodology and focuses on the development and implementation of efficient linear scaling algorithms for ab initio electronic structure calculations.
Documentação
Licença GNU General Public License
Localização https://github.com/xmqin/HONPAS

Como usar

- Opções de módulos de ativação para uso:
HONPAS 2.0
module load honpas/2.0-intel-2021.3.0

     Compilador: Intel OneAPI 2021.3.0
    Executáveis: /opt/pub/honpas/2.0/intel/2021.3.0/bin
       Recursos: Intel MPI, Intel MKL, libint

Exemplo de script de submissão de um job apenas 'multitask' na fila 'par16':

#!/bin/bash
### Nome da fila de execucao ###
#PBS -q par16

### Nome do job ###
#PBS -N teste

### Nome do arquivo de saida ###
#PBS -o saida

### Nome do arquivo de erros ###
#PBS -e erro

### Recursos necessarios para execucao:     ###
###   nodes=   Numero de nos computacionais ###
###   ppn=     Numero de processos por no   ###
### Total de processos = nodes X ppn        ###
#PBS -l nodes=1:ppn=16

cd $PBS_O_WORKDIR
echo "-----------------------------------------"
echo "Inicio do job:" `date`

module load honpas/2.0-intel-2021.3.0
export OMP_NUM_THREADS=1

### A opcao -np indica o numero total de processos.    ###

mpirun -np 16 honpas < arquivo_input.fdf

echo "Final do job:" `date`
echo "-----------------------------------------"

Exemplo de script de submissão de um job apenas 'multitask' na fila 'par128':

#!/bin/bash
### Nome da fila de execucao ###
#PBS -q par128

### Nome do job ###
#PBS -N teste

### Nome do arquivo de saida ###
#PBS -o saida

### Nome do arquivo de erros ###
#PBS -e erro

### Recursos necessarios para execucao:     ###
###   nodes=   Numero de nos computacionais ###
###   ppn=     Numero de processos por no   ###
### Total de processos = nodes X ppn        ###
#PBS -l nodes=1:ppn=128

cd $PBS_O_WORKDIR
echo "-----------------------------------------"
echo "Inicio do job:" `date`

module load honpas/2.0-intel-2021.3.0
export OMP_NUM_THREADS=1

### A opcao -np indica o numero total de processos.    ###

mpirun -np 128 honpas < arquivo_input.fdf

echo "Final do job:" `date`
echo "-----------------------------------------"