Dell AMD EPYC 7662 / NVIDIA Tesla A100

Softwares Instalados

Categoria: Química/Física

SIESTA
Versão	PSML R1, 4.1.5, 5.0.1
Descrição	SIESTA (Spanish Initiative for Electronic Simulations with Thousands of Atoms) is both a method and its computer program implementation, to perform electronic structure calculations and ab initio molecular dynamics simulations of molecules and solids.
Documentação	Documentação Geral PSML Description&Support SIESTA 5.0 New Features SIESTA 5.0.1 Release Notes SIESTA 5.0.1 User's Guide TBtrans 5.0.1 User's Guide
Licença	GPL v3
Localização	https://siesta-project.org/siesta/index.html

Como usar

- Opções de módulos de ativação para uso:

SIESTA 5.0.1

module load siesta/cenapad-gnu-openmpi-mkl

     Compilador: gnu-9.4.0
    Executáveis: /opt/pub/siesta/5.0.1/gcc/9.4.0/bin
       Recursos: OpenMPI, OpenMP, Intel MKL, OpenBLAS, NetCDF, PSML Support, HDF5,
                 GridXC, LibXC, XMLF90, FFTW, ELPA, PEXSI, WANNIER90

module load siesta/cenapad-intel-mkl

     Compilador: Intel OneAPI-2021.3.0
    Executáveis: /opt/pub/siesta/5.0.1/intel/2021.3.0/bin
       Recursos: Intel MPI, Intel MKL, OpenMP, OpenBLAS, NetCDF, PSML Support, HDF5,
                 GridXC, LibXC, XMLF90, FFTW, ELPA, PEXSI, WANNIER90

SIESTA 4.1.5

module load siesta/4.1.5-intel-mkl

     Compilador: Intel OneAPI-2022.0.1
    Executáveis: /opt/pub/siesta/4.1.5/intel/2022.0.1/bin
       Recursos: Intel MPI, Intel MKL, OpenMP, NETCDF, HDF5

module load siesta/4.1.5-gcc-9.4.0

     Compilador: gcc-9.4.0
    Executáveis: /opt/pub/siesta/4.1.5/gcc/9.4.0/bin
       Recursos: OpenMPI, OpenMP, Intel MKL

module load siesta/4.1.5-gnu-openblas

     Compilador: gcc-9.4.0
    Executáveis: /opt/pub/siesta/4.1.5/gcc/9.4.0/openblas/bin
       Recursos: OpenMPI, OpenBLAS

SIESTA PSML R1

module load siesta/psml-R1-gcc-9.4.0

     Compilador: gcc-9.4.0
    Executáveis: /opt/pub/siesta/psml-R1/gcc/9.4.0/bin
       Recursos: OpenMPI, Intel MKL, PSML Support, LibXC, HDF5, NetCDF

Exemplo de script de submissão de um job apenas 'multitask' na fila 'par16':

#!/bin/bash
### Nome da fila de execucao ###
#PBS -q par16

### Nome do job ###
#PBS -N teste

### Nome do arquivo de saida ###
#PBS -o saida

### Nome do arquivo de erros ###
#PBS -e erro

### Recursos necessarios para execucao:     ###
###   nodes=   Numero de nos computacionais ###
###   ppn=     Numero de processos por no   ###
### Total de processos = nodes X ppn        ###
#PBS -l nodes=1:ppn=16

cd $PBS_O_WORKDIR
echo "-----------------------------------------"
echo "Inicio do job:" `date`

module load siesta/cenapad-gnu-openmpi-mkl
export OMP_NUM_THREADS=1

### A opcao -np indica o numero total de processos.    ###

mpirun -np 16 siesta < arquivo_input.fdf

echo "Final do job:" `date`
echo "-----------------------------------------"

Exemplo de script de submissão de um job apenas 'multitask' na fila 'par128':

#!/bin/bash
### Nome da fila de execucao ###
#PBS -q par128

### Nome do job ###
#PBS -N teste

### Nome do arquivo de saida ###
#PBS -o saida

### Nome do arquivo de erros ###
#PBS -e erro

### Recursos necessarios para execucao:     ###
###   nodes=   Numero de nos computacionais ###
###   ppn=     Numero de processos por no   ###
### Total de processos = nodes X ppn        ###
#PBS -l nodes=1:ppn=128

cd $PBS_O_WORKDIR
echo "-----------------------------------------"
echo "Inicio do job:" `date`

module load siesta/cenapad-gnu-openmpi-mkl
export OMP_NUM_THREADS=1

### A opcao -np indica o numero total de processos.    ###

mpirun -np 128 siesta < arquivo_input.fdf

echo "Final do job:" `date`
echo "-----------------------------------------"

Exemplo de script de submissão de um job na fila 'paralela':

#!/bin/bash
### Nome da fila de execucao ###
#PBS -q paralela

### Nome do job ###
#PBS -N teste

### Nome do arquivo de saida ###
#PBS -o saida

### Nome do arquivo de erros ###
#PBS -e erro

### Recursos necessarios para execucao:     ###
###   nodes=   Numero de nos computacionais ###
###   ppn=     Numero de processos por no   ###
### Total de processos = nodes X ppn        ###
#PBS -l nodes=4:ppn=128

cd $PBS_O_WORKDIR
echo "-----------------------------------------"
echo "Inicio do job:" `date`

module load siesta/cenapad-gnu-openmpi-mkl
export OMP_NUM_THREADS=1

### A opcao -np indica o numero total de processos.    ###

mpirun -np 512 -machinefile $PBS_NODEFILE siesta < arquivo_input.fdf

echo "Final do job:" `date`
echo "-----------------------------------------"

Exemplo de script de submissão de um job híbrido (multitask+multithread) na fila 'par128':

#!/bin/bash
### Nome da fila de execucao ###
#PBS -q par128

### Nome do job ###
#PBS -N teste

### Nome do arquivo de saida ###
#PBS -o saida

### Nome do arquivo de erros ###
#PBS -e erro

### Recursos necessarios para execucao:     ###
###   nodes=   Numero de nos computacionais ###
###   ppn=     Numero de processos por no   ###
### Total de processos = nodes X ppn        ###
#PBS -l nodes=1:ppn=128

cd $PBS_O_WORKDIR
echo "-----------------------------------------"
echo "Inicio do job:" `date`

module load siesta/cenapad-intel-mkl
export OMP_NUM_THREADS=2

### A opcao -np indica o numero total de processos.    ###

mpirun -np 64 siesta < arquivo_input.fdf

echo "Final do job:" `date`
echo "-----------------------------------------"