Dell AMD EPYC 7662 / NVIDIA Tesla A100

Softwares Instalados

Categoria: Química/Física

Siesta
Versão
Descrição	A first-principles materials simulation code using DFT.
Documentação	Documentação
Licença	GPL v3
Localização	https://launchpad.net/siesta

Como usar

Existem atualmente, 5 versões do programa Siesta instaladas no ambiente, em 12 opções de instalação:

- Opções de módulos de ativação para uso:

module load siesta/4.0.2-intel-2021.3.0    Intel-OneAPI-2021.3.0, Intel MPI, MKL, HDF5
module load siesta/4.1-b4-intel-2018.3     Intel-2018.3, Intel MPI, MKL
module load siesta/4.1-b4-intel-2019.0.5   Intel-2019.0.5, Intel MPI, MKL
module load siesta/4.1-b4-intel-2021.3.0   Intel-OneAPI-2021.3.0, Intel MPI, MKL, NETCDF, HDF5
module load siesta/4.1-b4-gcc-9.3.0        gcc-9.3.0, OPENMPI, MKL
module load siesta/4.1.5-intel-mkl         Intel-OneAPI-2022.0.1, Intel MPI, MKL, NETCDF, HDF5
module load siesta/4.1.5-gcc-9.4.0         gcc-9.4.0, OPENMPI, MKL
module load siesta/4.1.5-gnu-openblas      gcc-9.4.0, OPENMPI, OPENBLAS
module load siesta/psml-intel-2021.3.0     Intel-OneAPI-2021.3.0, pseudopotentials in PSML Support,Intel MPI, MKL, LIBXC
module load siesta/psml-gcc-9.4.0          gcc-9.4.0, pseudopotentials in PSML Support, OPENMPI, NETLIB-SCALAPACK, OPENBLAS, LIBXC
module load siesta/psml-R1-intel-2022.0.1  Intel-OneAPI-2022.0.1, pseudopotentials in PSML Support, Intel MPI, MKL, LIBXC, HDF5, NETCDF
module load siesta/psml-R1-gcc-9.4.0       gcc-9.4.0, pseudopotentials in PSML Support, OPENMPI, MKL, LIBXC, HDF5, NETCDF

- Executáveis disponíveis nas pastas:

/opt/pub/siesta/4.0.2/intel/2021.3/bin
/opt/pub/siesta/4.1-b4/intel/2018.3/bin
/opt/pub/siesta/4.1-b4/intel/2019.0.5/bin
/opt/pub/siesta/4.1-b4/intel/2021.3.0/bin
/opt/pub/siesta/4.1-b4/gcc/9.3.0/bin
/opt/pub/siesta/4.1.5/intel/2022.0.1/bin
/opt/pub/siesta/4.1.5/gcc/9.4.0/bin
/opt/pub/siesta/4.1.5/gcc/9.4.0/openblas/bin
/opt/pub/siesta/psml/intel/2021.3.0/bin
/opt/pub/siesta/psml/gcc/9.4.0/bin
/opt/pub/siesta/psml-R1/intel/2022.0.1/bin
/opt/pub/siesta/psml-R1/gcc/9.4.0/bin

Exemplo de script de submissão de um job:

#!/bin/bash
### Nome da fila de execucao ###
#PBS -q par128

### Nome do job ###
#PBS -N teste

### Nome do arquivo de saida ###
#PBS -o saida

### Nome do arquivo de erros ###
#PBS -e erro

### Recursos necessarios para execucao:     ###
###   nodes=   Numero de nos computacionais ###
###   ppn=     Numero de processos por no   ###
### Total de processos = nodes X ppn        ###
#PBS -l nodes=1:ppn=128

cd $PBS_O_WORKDIR
echo "-----------------------------------------"
echo "Inicio do job:" `date`

module load siesta/4.1-b4-intel-2021.3.0
export OMP_NUM_THREADS=1

### A opcao -np indica o numero total de processos.    ###

mpirun -np 128 siesta < arquivo_input.fdf

echo "Final do job:" `date`
echo "-----------------------------------------"