Dell AMD EPYC 7662 / NVIDIA Tesla A100
Softwares Instalados
Categoria: Química/Física
Orca (Licenciado pelo usuário) | |
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Versão | |
Descrição | ORCA is the fastest growing quantum-chemical software package to date. ORCA provides cutting-edge methods in the fields of density functional theory as well as correlated wave-function based methods. |
Documentação |
Forum do ORCA Tutoriais |
Licença | Licenciado pelo Usuario |
Localização | https://www.faccts.de/orca/ |
Como usar
O Orca é um software que deve ser licenciado pelo usuário e a instalação deve ser feita na conta do usuário.EXECUÇÃO PARALELA
A instalação consiste em apenas desempacotar o arquivo .tar e ativar o módulo OpenMPI indicado no pacote do
Orca.
- Instalação:
mkdir $HOME/orca-x.x.x onde x.x.x é a versão do Orca adquirida
tar -xvf $HOME/orca_...tar.xz --strip=1 -C orca-x.x.x
- Configuração para uso:
module load openmpi/...
export PATH=$HOME/orca-x.x.x:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=$HOME/orca-x.x.x:$LD_LIBRARY_PATH
OBS: Verifique a disponibilidade da versão correta de biblioteca OpenMPI utilizada pelo
Orca, se está instalada no ambiente. Execute o comando:
module av openmpi/
Vários módulos do Orca foram paralelizados, mas a maioria necessita de poucos processos para obter uma boa performance.
'The following modules are presently parallelized:
SCF
SCFGRAD
CASSCF / NEVPT2
MDCI (Coupled-Cluster)
CPSCF
CIS/TDDFT
MP2 and RI-MP2 (including gradient)
EPRNMR
SOC
ROCIS
PC
MRCI
Numerical Gradients and Frequencies
The efficiency is such that for RI-DFT perhaps up to 20 processors are a good idea while for hybrid DFT and Hartree-Fock a few
more processors are appropriate. Above this, the overhead becomes signicant and the parallelization loses efficiency. Coupled
cluster calculations usually scale well up to at least 8 processors but probably it is also worthwhile to try 20. For
Numerical Frequencies or Gradient runs it makes sense to use as many processors as 3*Number of Atoms.'
POR FAVOR, verifique a documentação do software para estabelecer o número correto de processos. Para a maioria dos processamentos,
a fila 'par16', deverá atender as necessidades.
Exemplo de script de submissão de um job para ser adaptado:
#!/bin/bash ### Nome da fila de execucao ### #PBS -q par16 ### Nome do job ### #PBS -N teste ### Nome do arquivo de saida ### #PBS -o saida ### Nome do arquivo de erros ### #PBS -e erro ### Recursos necessarios para execucao: ### ### nodes= Numero de nos computacionais ### ### ppn= Numero de processos por no ### ### Total de processos = nodes X ppn ### #PBS -l nodes=1:ppn=16 cd $PBS_O_WORKDIR echo "-----------------------------------------" echo "Inicio do job:" `date` ### Configura ambiente para execucao do ORCA ### module load openmpi/... export PATH=$HOME/orca-x.x.x:$PATH export LD_LIBRARY_PATH=$HOME/orca-x.x.x:$LD_LIBRARY_PATH ### A opcao -n indica o numero total de processos. ### $HOME/orca-x.x.x/orca arquivo_input echo "Final do job:" `date` echo "-----------------------------------------"
Exemplo de script de submissão de um job para instalação com Orca-5.0.2 e OpenMPI-4.1.1:
#!/bin/bash ### Nome da fila de execucao ### #PBS -q par16 ### Nome do job ### #PBS -N teste ### Nome do arquivo de saida ### #PBS -o saida ### Nome do arquivo de erros ### #PBS -e erro ### Recursos necessarios para execucao: ### ### nodes= Numero de nos computacionais ### ### ppn= Numero de processos por no ### ### Total de processos = nodes X ppn ### #PBS -l nodes=1:ppn=16 cd $PBS_O_WORKDIR echo "-----------------------------------------" echo "Inicio do job:" `date` ### Configura ambiente para execucao do ORCA ### module load openmpi/4.1.1-gcc-9.4.0 export PATH=$HOME/orca-5.0.2:$PATH export LD_LIBRARY_PATH=$HOME/orca-5.0.2:$LD_LIBRARY_PATH ### A opcao -n indica o numero total de processos. ### $HOME/orca-5.0.2/orca arquivo_input echo "Final do job:" `date` echo "-----------------------------------------"
Preparação do arquivo de Input:
IMPORTANTE : Incluir no início do arquivo de input as instruções que especificam o número de processos paralelos e a memória por processo. Siga os passos abaixo: vi arquivo_de_input.inp %maxcore 2000 %pal nprocs 16 end ... ATENÇÃO: Cuidado para não ultrapassar a memória máxima disponível para a execução do job. No exemplo: 1 nó, 16 processos cada processo poderá usar até 2000 MBytes. Total: 32 GBytes