Dell AMD EPYC 7662 / NVIDIA Tesla A100

Softwares Instalados

Categoria: Química/Física

Orca (Licenciado pelo usuário)
Versão
Descrição	ORCA is the fastest growing quantum-chemical software package to date. ORCA provides cutting-edge methods in the fields of density functional theory as well as correlated wave-function based methods.
Documentação	Forum do ORCA Tutoriais
Licença	Licenciado pelo Usuario
Localização	https://www.faccts.de/orca/

Como usar

O Orca é um software que deve ser licenciado pelo usuário e a instalação deve ser feita na conta do usuário.
A instalação consiste em apenas desempacotar o arquivo .tar e ativar o módulo OpenMPI indicado no pacote do
Orca.

- Instalação:

mkdir $HOME/orca-x.x.x                                    onde x.x.x é a versão do Orca adquirida
tar -xvf $HOME/orca_...tar.xz --strip=1 -C orca-x.x.x

- Configuração para uso:

module load openmpi/...
export PATH=$HOME/orca-x.x.x/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=$HOME/orca-x.x.x/lib:$LD_LIBRARY_PATH


OBS: Verifique a disponibilidade da versão correta de biblioteca OpenMPI utilizada pelo
Orca, se está instalada no ambiente. Execute o comando:

     module av openmpi/

EXECUÇÃO PARALELA

Vários módulos do Orca foram paralelizados, mas a maioria necessita de poucos processos para obter uma boa performance.

'The following modules are presently parallelized:

SCF
SCFGRAD
CASSCF / NEVPT2
MDCI (Coupled-Cluster)
CPSCF
CIS/TDDFT
MP2 and RI-MP2 (including gradient)
EPRNMR
SOC
ROCIS
PC
MRCI
Numerical Gradients and Frequencies

The efficiency is such that for RI-DFT perhaps up to 20 processors are a good idea while for hybrid DFT and Hartree-Fock a few
more processors are appropriate. Above this, the overhead becomes signicant and the parallelization loses efficiency. Coupled
cluster calculations usually scale well up to at least 8 processors but probably it is also worthwhile to try 20. For
Numerical Frequencies or Gradient runs it makes sense to use as many processors as 3*Number of Atoms.'

POR FAVOR, verifique a documentação do software para estabelecer o número correto de processos. Para a maioria dos processamentos,
a fila 'par16', deverá atender as necessidades.

Exemplo de script de submissão de um job para fila 'par16':

#!/bin/bash
### Nome da fila de execucao ###
#PBS -q par16

### Nome do job ###
#PBS -N teste

### Nome do arquivo de saida ###
#PBS -o saida

### Nome do arquivo de erros ###
#PBS -e erro

### Recursos necessarios para execucao:     ###
###   nodes=   Numero de nos computacionais ###
###   ppn=     Numero de processos por no   ###
### Total de processos = nodes X ppn        ###
#PBS -l nodes=1:ppn=16

cd $PBS_O_WORKDIR
echo "-----------------------------------------"
echo "Inicio do job:" `date`

### Configura ambiente para execucao do ORCA ###

module load openmpi/...
export PATH=$HOME/orca-x.x.x/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=$HOME/orca-x.x.x/lib:$LD_LIBRARY_PATH

#Criar diretorio temporario e copiar arquivos para processamento
mkdir -p /work/${USER}/${PBS_JOBID}
cp -r ${PBS_O_WORKDIR}/* /work/${USER}/${PBS_JOBID}


cd /work/${USER}/${PBS_JOBID}
$HOME/orca-x.x.x/bin/orca arquivo_input

#Copiar resultado de volta para o home:
cp -a -r -f  /work/${USER}/${PBS_JOBID}/* ${PBS_O_WORKDIR}/


echo "Final do job:" `date`
echo "-----------------------------------------"

Exemplo de script de submissão de um job para a fila 'par16', com Orca-6.0.1 e OpenMPI-4.1.1:

#!/bin/bash
### Nome da fila de execucao ###
#PBS -q par16

### Nome do job ###
#PBS -N teste

### Nome do arquivo de saida ###
#PBS -o saida

### Nome do arquivo de erros ###
#PBS -e erro

### Recursos necessarios para execucao:     ###
###   nodes=   Numero de nos computacionais ###
###   ppn=     Numero de processos por no   ###
### Total de processos = nodes X ppn        ###
#PBS -l nodes=1:ppn=16

cd $PBS_O_WORKDIR
echo "-----------------------------------------"
echo "Inicio do job:" `date`

### Configura ambiente para execucao do ORCA ###

module load openmpi/4.1.1-gcc-9.4.0
export PATH=$HOME/orca-6.0.1/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=$HOME/orca-6.0.1/lib:$LD_LIBRARY_PATH

#Criar diretorio temporario e copiar arquivos para processamento
mkdir -p /work/${USER}/${PBS_JOBID}
cp -r ${PBS_O_WORKDIR}/* /work/${USER}/${PBS_JOBID}


cd /work/${USER}/${PBS_JOBID}
$HOME/orca-6.0.1/bin/orca arquivo_input

#Copiar resultado de volta para o home:
cp -a -r -f  /work/${USER}/${PBS_JOBID}/* ${PBS_O_WORKDIR}/


echo "Final do job:" `date`
echo "-----------------------------------------"

Exemplo de script de submissão de um job para a fila 'paralela', com Orca-6.0.1 e OpenMPI-4.1.1:

#!/bin/bash
### Nome da fila de execucao ###
#PBS -q paralela

### Nome do job ###
#PBS -N teste

### Nome do arquivo de saida ###
#PBS -o saida

### Nome do arquivo de erros ###
#PBS -e erro

### Recursos necessarios para execucao:     ###
###   nodes=   Numero de nos computacionais ###
###   ppn=     Numero de processos por no   ###
### Total de processos = nodes X ppn        ###
#PBS -l nodes=2:ppn=128

cd $PBS_O_WORKDIR
echo "-----------------------------------------"
echo "Inicio do job:" `date`

### Configura ambiente para execucao do ORCA ###

module load openmpi/4.1.1-gcc-9.4.0
export PATH=$HOME/orca-6.0.1/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=$HOME/orca-6.0.1/lib:$LD_LIBRARY_PATH

export RSH_COMMAND=ssh

#Criar diretorio temporario e copiar arquivos para processamento
mkdir -p /work/${USER}/${PBS_JOBID}
cp -r ${PBS_O_WORKDIR}/* /work/${USER}/${PBS_JOBID}


cd /work/${USER}/${PBS_JOBID}

cp $PBS_NODEFILE nome_arquivo_input.nodes

$HOME/orca-6.0.1/bin/orca nome_arquivo_input

#Copiar resultado de volta para o home:
cp -a -r -f  /work/${USER}/${PBS_JOBID}/* ${PBS_O_WORKDIR}/


echo "Final do job:" `date`
echo "-----------------------------------------"

Preparação do arquivo de Input:

IMPORTANTE : Incluir no início do arquivo de input as instruções que especificam o número de processos paralelos e a memória por processo.

Siga os passos abaixo:

vi arquivo_de_input.inp

%maxcore 2000

%pal
nprocs 16
end
...

ATENÇÃO: Cuidado para não ultrapassar a memória máxima disponível para a execução do job.

No exemplo: 1 nó, 16 processos
            cada processo poderá usar até 2000 MBytes.
            Total: 32 GBytes