Dell AMD EPYC 7662 / NVIDIA Tesla A100

Softwares Instalados

Categoria: Química/Física

OpenMX
Versão	3.9
Descrição	OpenMX (Open source package for Material eXplorer) is a software package for nano-scale material simulations based on density functional theories (DFT), norm-conserving pseudopotentials, and pseudo-atomic localized basis functions. The methods and algorithms used in OpenMX and their implementation are carefully designed for the realization of large-scale ab initio electronic structure calculations on parallel computers based on the MPI or MPI/OpenMP hybrid parallelism. The efficient implementation of DFT enables us to investigate electronic, magnetic, and geometrical structures of a wide variety of materials such as bulk materials, surfaces, interfaces, liquids, and low-dimensional materials. Systems consisting of 1000 atoms can be treated using the conventional diagonalization method if several hundreds cores on a parallel computer are used.
Documentação	User's Manual of OpenMX Ver. 3.9
Licença	GNU General Public License
Localização	https://www.openmx-square.org/

Como usar

- Opções de módulos de ativação para uso:

OpenMX 3.9

module load openmx/cenapad-intel-mkl

     Compilador: Intel OneAPI 2021.3.0
    Executáveis: /opt/pub/honpas/2.0/intel/2021.3.0/work
       Recursos: Intel MPI, Intel MKL

Exemplo de script de submissão de um job apenas 'multitask' na fila 'par16':

#!/bin/bash
### Nome da fila de execucao ###
#PBS -q par16

### Nome do job ###
#PBS -N teste

### Nome do arquivo de saida ###
#PBS -o saida

### Nome do arquivo de erros ###
#PBS -e erro

### Recursos necessarios para execucao:     ###
###   nodes=   Numero de nos computacionais ###
###   ppn=     Numero de processos por no   ###
### Total de processos = nodes X ppn        ###
#PBS -l nodes=1:ppn=16

cd $PBS_O_WORKDIR
echo "-----------------------------------------"
echo "Inicio do job:" `date`

module load openmx/cenapad-intel-mkl
export OMP_NUM_THREADS=1

### A opcao -np indica o numero total de processos.    ###

mpirun -np 16 openmx arquivo_input > saida.txt

echo "Final do job:" `date`
echo "-----------------------------------------"

Exemplo de script de submissão de um job apenas 'multitask' na fila 'par128':

#!/bin/bash
### Nome da fila de execucao ###
#PBS -q par128

### Nome do job ###
#PBS -N teste

### Nome do arquivo de saida ###
#PBS -o saida

### Nome do arquivo de erros ###
#PBS -e erro

### Recursos necessarios para execucao:     ###
###   nodes=   Numero de nos computacionais ###
###   ppn=     Numero de processos por no   ###
### Total de processos = nodes X ppn        ###
#PBS -l nodes=1:ppn=128

cd $PBS_O_WORKDIR
echo "-----------------------------------------"
echo "Inicio do job:" `date`

module load openmx/cenapad-intel-mkl
export OMP_NUM_THREADS=1

### A opcao -np indica o numero total de processos.    ###

mpirun -np 128 openmx arquivo_input > saida.txt

echo "Final do job:" `date`
echo "-----------------------------------------"