Dell AMD EPYC 7662 / NVIDIA Tesla A100

Softwares Instalados

Categoria: Química/Física

NAMD
Versão	2.14, 3.0.1
Descrição	Parallel molecular dynamics code designed for high-performance simulation of large biomolecular systems.
Documentação	NAMD User's Guide Use the memory-optimized version of NAMD
Licença	https://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/license.html
Localização	https://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/

Como usar

- Versões instaladas:

NAMD 3.0.1

module load namd/cenapad-intel-mkl

     Compilador: Intel OneAPI-2025.1.1
       Recursos: Intel MPI, Intel MKL, CUDA
    Executáveis: /opt/pub/namd/3.0.1/intel/2025.1.1/bin

namd3_mpi         Execuções multitask (MPI) sem otimização de memória
namd3_mo_mpi      Execuções multitask (MPI) com otimização de memória

namd3_smp         Execuções multithread (SMP) sem otimização de memória
namd3_mo_smp      Execuções multithread (SMP) com otimização de memória

namd3_gpu         Execuções multithread em GPUs (SMP+GPU)

module load namd/cenapad-gnu-openmpi-mkl

     Compilador: GNU GCC-12.2.0
       Recursos: OpenMPI, Intel MKL, CUDA
    Executáveis: /opt/pub/namd/3.0.1/gcc/12.2.0/bin

namd3_mpi         Execuções multitask (MPI) sem otimização de memória
namd3_mo_mpi      Execuções multitask (MPI) com otimização de memória

namd3_smp         Execuções multithread (SMP) sem otimização de memória
namd3_mo_smp      Execuções multithread (SMP) com otimização de memória

namd3_gpu         Execuções multithread em GPUs (SMP+GPU)

module load namd/multicore-gpu

     Compilador: Binários proprietários The University of Illinois (Theoretical and Computational Biophysics Group)
    Executáveis: /opt/pub/namd/NAMD_3.0.1_Linux-x86_64-multicore-CUDA

namd3             Somene execuções multithread em GPUs (SMP+GPU)

NAMD 2.14

module load namd/2.14-intel-2021.3.0

     Compilador: Intel OneAPI-2021.3.0
       Recursos: Intel MPI, Intel MKL, CUDA
    Executáveis:

/opt/pub/namd/2.14/intel/2021.3.0/bin/MPI
/opt/pub/namd/2.14/intel/2021.3.0/bin/SMP
/opt/pub/namd/2.14/intel/2021.3.0/bin/MPI_GPU
/opt/pub/namd/2.14/intel/2021.3.0/bin/SMP_GPU

namd2_mpi         Execuções multitask (MPI) sem otimização de memória
namd2_mo_mpi      Execuções multitask (MPI) com otimização de memória

namd2_smp         Execuções multithread (SMP) sem otimização de memória
namd2_mo_smp      Execuções multithread (SMP) com otimização de memória

namd2_mpi_gpu     Execuções multitask com GPUs (MPI+GPU) sem otimização de memória
namd2_mo_mpi_gpu  Execuções multitask com GPUs (MPI+GPU) com otimização de memória

namd2_smp_gpu     Execuções multitread com GPUs (SMP+GPU) sem otimização de memória
namd2_mo_smp_gpu  Execuções multitread com GPUs (SMP+GPU) com otimização de memória

Exemplo de script de submissão para fila 'par128':

#!/bin/bash
### Nome da fila de execucao ###
#PBS -q par128

### Nome do job ###
#PBS -N teste

### Nome do arquivo de saida ###
#PBS -o saida

### Nome do arquivo de erros ###
#PBS -e erro

### Recursos necessarios para execucao:     ###
###   nodes=   Numero de nos computacionais ###
###   ppn=     Numero de processos por no   ###
### Total de processos = nodes X ppn        ###
#PBS -l nodes=1:ppn=128

cd $PBS_O_WORKDIR
echo "-----------------------------------------"
echo "Inicio do job:" `date`

module load namd/cenapad-intel-mkl

export OMP_NUM_THREADS=1

### A opcao -np indica o numero total de processos.    ###

mpirun -np 128 namd3_mpi ./arquivo_input +setcpuaffinity > resultados

echo "Final do job:" `date`
echo "-----------------------------------------"

Exemplo de script de submissão para fila 'paralela':

#!/bin/bash
### Nome da fila de execucao ###
#PBS -q paralela

### Nome do job ###
#PBS -N teste

### Nome do arquivo de saida ###
#PBS -o saida

### Nome do arquivo de erros ###
#PBS -e erro

### Recursos necessarios para execucao:     ###
###   nodes=   Numero de nos computacionais ###
###   ppn=     Numero de processos por no   ###
### Total de processos = nodes X ppn        ###
#PBS -l nodes=2:ppn=128

cd $PBS_O_WORKDIR
echo "-----------------------------------------"
echo "Inicio do job:" `date`

module load namd/cenapad-gnu-openmpi-mkl

export OMP_NUM_THREADS=1

### A opcao -np indica o numero total de processos.    ###

mpirun -np 256 namd3_mpi ./arquivo_input +setcpuaffinity > resultados

echo "Final do job:" `date`
echo "-----------------------------------------"

Exemplo de script de submissão para fila 'umagpu':

#!/bin/bash
### Nome da fila de execucao ###
#PBS -q umagpu

### Nome do job ###
#PBS -N teste

### Nome do arquivo de saida ###
#PBS -o saida

### Nome do arquivo de erros ###
#PBS -e erro

### Recursos necessarios para execucao:     ###
###   nodes=   Numero de nos computacionais ###
###   ppn=     Numero de processos por no   ###
### Total de processos = nodes X ppn        ###
#PBS -l nodes=1:ppn=16

cd $PBS_O_WORKDIR
echo "-----------------------------------------"
echo "Inicio do job:" `date`

module load namd/multicore-gpu

export OMP_NUM_THREADS=16

### A opcao -np indica o numero total de processos.    ###

namd3 ./arquivo_input +p16 +setcpuaffinity > resultados

echo "Final do job:" `date`
echo "-----------------------------------------"