Dell AMD EPYC 7662 / NVIDIA Tesla A100

Softwares Instalados

Categoria: Química/Física

NAMD-NVidia
Versão	3.0-beta5
Descrição	Parallel molecular dynamics code designed for high-performance simulation of large biomolecular systems.
Documentação	NAMD-3.0alpha Usage Notes
Licença	https://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/license.html
Localização	https://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/

Como usar

Instalação customizada pela NVidia através do uso de 'container singularity', apenas para execuções
nas filas:'testegpu','miggpu','umagpu' e 'duasgpus'

- Módulo para ativação:

module load namd/nvidia-ngc

Para máxima performance, é importante utilizar as seguintes opções na execução do programa 'namd3':

$nv_namd  namd3  +ppn N_PROCS +idlepoll INPUT

N_PROCS = número de processos, de 1 ate 32
INPUT = nome do arquivo de entrada de dados

Utilize e adapte o modelo de script de submissão dependendo da fila que será utilizada.

ATENÇÃO, essa instalação de NAMD é apenas para processamento em GPUs. Por favor, verifique na
documentação, 'NAMD-3.0alpha Usage Notes', o uso adequado dessa versão.

Exemplo de script de submissão de um job na fila 'umagpu':

#!/bin/bash
### Nome da fila de execucao ###
#PBS -q umagpu

### Nome do job ###
#PBS -N teste

### Nome do arquivo de saida ###
#PBS -o saida

### Nome do arquivo de erros ###
#PBS -e erro

### Recursos necessarios para execucao:     ###
###   nodes=   Numero de nos computacionais ###
###   ppn=     Numero de processos por no   ###
### Total de processos = nodes X ppn        ###
#PBS -l nodes=1:ppn=16

cd $PBS_O_WORKDIR
echo "-----------------------------------------"
echo "Inicio do job:" `date`

module load namd/nvidia-ngc

$nv_namd namd3 +ppn 16 +idlepoll input_de_dados > resultados

echo "Final do job:" `date`
echo "-----------------------------------------"

Exemplo de script de submissão de um job na fila 'duasgpus':

#!/bin/bash
### Nome da fila de execucao ###
#PBS -q duasgpus

### Nome do job ###
#PBS -N teste

### Nome do arquivo de saida ###
#PBS -o saida

### Nome do arquivo de erros ###
#PBS -e erro

### Recursos necessarios para execucao:     ###
###   nodes=   Numero de nos computacionais ###
###   ppn=     Numero de processos por no   ###
### Total de processos = nodes X ppn        ###
#PBS -l nodes=1:ppn=32

cd $PBS_O_WORKDIR
echo "-----------------------------------------"
echo "Inicio do job:" `date`

module load namd/nvidia-ngc

$nv_namd namd3 +ppn 32 +idlepoll input_de_dados > resultados

echo "Final do job:" `date`
echo "-----------------------------------------"