Dell AMD EPYC 7662 / NVIDIA Tesla A100
Softwares Instalados
| NAMD 3.0-alpha9 |
| Versão |
3.0-alpha9 |
| Descrição |
Parallel molecular dynamics code designed for high-performance simulation of large biomolecular systems.
|
| Documentação |
NAMD-3.0alpha Usage Notes
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| Licença |
https://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/license.html |
| Localização |
https://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/ |
Como usar
- Módulo de ativação para uso:
module load namd/3.0-alpha9-gcc-9.3.0
- Executável disponível na pasta:
/opt/pub/namd/3.0-alpha9/gcc/9.3.0
namd3 Execuções multithread com processamento em GPUs (SMP+GPU)
OBS: ATENÇÃO, essa instalação de NAMD é apenas para processamento em GPUs. Por favor,
verifique na documentação, 'NAMD-3.0alpha Usage Notes', o uso adequado dessa versão.
Exemplo de script de submissão de um job:
#!/bin/bash
### Nome da fila de execucao ###
#PBS -q duasgpus
### Nome do job ###
#PBS -N teste
### Nome do arquivo de saida ###
#PBS -o saida
### Nome do arquivo de erros ###
#PBS -e erro
### Recursos alocados para execucao:
### Fila 'umagpu': 1 node, 64 cpus, 1 gpu
### Fila 'duasgpus': 1 node, 128 cpus, 2 gpus
### OBS: Nao e necessario especificar a diretiva '-l nodes=X,ppn=Y' nas
### filas *gpu*. O numero de cpus e configurado automaticamente de acordo
### com a fila
cd $PBS_O_WORKDIR
echo "-----------------------------------------"
echo "Inicio do job:" `date`
module load namd/3.0-alpha9-gcc-9.3.0
namd3 ./arquivo_input +p2 +setcpuaffinity --CUDASOAintegrate on +devices 0,1 > resultados
echo "Final do job:" `date`
echo "-----------------------------------------"