Dell AMD EPYC 7662 / NVIDIA Tesla A100

Softwares Instalados

Categoria: Química/Física

NAMD 3.0-alpha9
Versão	3.0-alpha9
Descrição	Parallel molecular dynamics code designed for high-performance simulation of large biomolecular systems.
Documentação	NAMD-3.0alpha Usage Notes
Licença	https://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/license.html
Localização	https://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/

Como usar

- Módulo de ativação para uso:

module load namd/3.0-alpha9-gcc-9.3.0

- Executável disponível na pasta:

/opt/pub/namd/3.0-alpha9/gcc/9.3.0

namd3    Execuções multithread com processamento em GPUs (SMP+GPU)

OBS: ATENÇÃO, essa instalação de NAMD é apenas para processamento em GPUs. Por favor,
verifique na documentação, 'NAMD-3.0alpha Usage Notes', o uso adequado dessa versão.

Exemplo de script de submissão de um job na fila 'umagpu':

#!/bin/bash
### Nome da fila de execucao ###
#PBS -q umagpu

### Nome do job ###
#PBS -N teste

### Nome do arquivo de saida ###
#PBS -o saida

### Nome do arquivo de erros ###
#PBS -e erro

### Recursos alocados para execucao:
#PBS -l nodes=1,ppn=16'

cd $PBS_O_WORKDIR
echo "-----------------------------------------"
echo "Inicio do job:" `date`

module load namd/3.0-alpha9-gcc-9.3.0

namd3 ./arquivo_input +p1 +setcpuaffinity --CUDASOAintegrate on > resultados

echo "Final do job:" `date`
echo "-----------------------------------------"

Exemplo de script de submissão de um job na fila 'duasgpus':

#!/bin/bash
### Nome da fila de execucao ###
#PBS -q duasgpus

### Nome do job ###
#PBS -N teste

### Nome do arquivo de saida ###
#PBS -o saida

### Nome do arquivo de erros ###
#PBS -e erro

### Recursos alocados para execucao:
#PBS -l nodes=1,ppn=32

cd $PBS_O_WORKDIR
echo "-----------------------------------------"
echo "Inicio do job:" `date`

module load namd/3.0-alpha9-gcc-9.3.0

namd3 ./arquivo_input +p2 +setcpuaffinity --CUDASOAintegrate on > resultados

echo "Final do job:" `date`
echo "-----------------------------------------"

Exemplo de script de submissão de um job na fila 'miggpu':

#!/bin/bash
### Nome da fila de execucao ###
#PBS -q miggpu

### Nome do job ###
#PBS -N teste

### Nome do arquivo de saida ###
#PBS -o saida

### Nome do arquivo de erros ###
#PBS -e erro

### Recursos alocados para execucao:
#PBS -l nodes=1,ppn=8'

cd $PBS_O_WORKDIR
echo "-----------------------------------------"
echo "Inicio do job:" `date`

module load namd/3.0-alpha9-gcc-9.3.0
unset CUDA_VISIBLE_DEVICES

namd3 ./arquivo_input +p1 +setcpuaffinity --CUDASOAintegrate on > resultados

echo "Final do job:" `date`
echo "-----------------------------------------"