Dell AMD EPYC 7662 / NVIDIA Tesla A100
Softwares Instalados
| NAMD 2.14 |
| Versão |
2.14 |
| Descrição |
Parallel molecular dynamics code designed for high-performance simulation of large biomolecular systems.
|
| Documentação |
NAMD User's Guide
|
| Licença |
https://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/license.html |
| Localização |
https://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/ |
Como usar
- Módulo de ativação para uso:
module load namd/2.14-intel-2021.3.0
- Executáveis disponíveis nas pastas:
/opt/pub/namd/2.14/intel/2021.3.0/bin/MPI
/opt/pub/namd/2.14/intel/2021.3.0/bin/SMP
/opt/pub/namd/2.14/intel/2021.3.0/bin/MPI_GPU
/opt/pub/namd/2.14/intel/2021.3.0/bin/SMP_GPU
namd2_mpi Execuções multitask (MPI) sem otimização de memória
namd2_mo_mpi Execuções multitask (MPI) com otimização de memória
namd2_smp Execuções multithread (SMP) sem otimização de memória
namd2_mo_smp Execuções multithread (SMP) com otimização de memória
namd2_mpi_gpu Execuções multitask com GPUs (MPI+GPU) sem otimização de memória
namd2_mo_mpi_gpu Execuções multitask com GPUs (MPI+GPU) com otimização de memória
namd2_smp_gpu Execuções multitread com GPUs (SMP+GPU) sem otimização de memória
namd2_mo_smp_gpu Execuções multitread com GPUs (SMP+GPU) com otimização de memória
Exemplo de script de submissão para fila 'par128':
#!/bin/bash
### Nome da fila de execucao ###
#PBS -q par128
### Nome do job ###
#PBS -N teste
### Nome do arquivo de saida ###
#PBS -o saida
### Nome do arquivo de erros ###
#PBS -e erro
### Recursos necessarios para execucao: ###
### nodes= Numero de nos computacionais ###
### ppn= Numero de processos por no ###
### Total de processos = nodes X ppn ###
#PBS -l nodes=1:ppn=128
cd $PBS_O_WORKDIR
echo "-----------------------------------------"
echo "Inicio do job:" `date`
module load namd/2.14-intel-2021.3.0
export OMP_NUM_THREADS=1
### A opcao -np indica o numero total de processos. ###
mpirun -np 128 namd2_mpi ./arquivo_input +isomalloc_sync +setcpuaffinity > resultados
echo "Final do job:" `date`
echo "-----------------------------------------"
Exemplo de script de submissão para fila 'paralela':
#!/bin/bash
### Nome da fila de execucao ###
#PBS -q paralela
### Nome do job ###
#PBS -N teste
### Nome do arquivo de saida ###
#PBS -o saida
### Nome do arquivo de erros ###
#PBS -e erro
### Recursos necessarios para execucao: ###
### nodes= Numero de nos computacionais ###
### ppn= Numero de processos por no ###
### Total de processos = nodes X ppn ###
#PBS -l nodes=2:ppn=128
cd $PBS_O_WORKDIR
echo "-----------------------------------------"
echo "Inicio do job:" `date`
module load namd/2.14-intel-2021.3.0
export OMP_NUM_THREADS=1
### A opcao -np indica o numero total de processos. ###
mpirun -np 256 namd2_mpi ./arquivo_input +isomalloc_sync +setcpuaffinity > resultados
echo "Final do job:" `date`
echo "-----------------------------------------"