Dell AMD EPYC 7662 / NVIDIA Tesla A100
Softwares Instalados
Categoria: Química/Física
Lammps-NVidia | |
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Versão | 15Jun2023 |
Descrição | LAMMPS-Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator |
Documentação |
Lammps Manual Uso de GPUs pelo Lammps |
Licença | Open-Source License |
Localização | https://www.lammps.org/ |
Como usar
Instalação customizada pela NVidia através do uso de 'container singularity', apenas para execuçõesmodule load lammps/nvidia-ngc
nas filas:'testegpu','miggpu','umagpu' e 'duasgpus'
- Módulo para ativação:
Para máxima performance, é importante utilizar as seguintes opções na execução do programa 'lmp':
$nv_lammps mpirun -np N_GPUS lmp -sf gpu -pk gpu N_GPUS -in INPUT
N_GPUS = número de gpus, de 1 ate 2
INPUT = nome do arquivo de entrada de dados
Utilize e adapte o modelo de script de submissão dependendo da fila que será utilizada.
ATENÇÃO! Para processamento em GPUs,verifique o uso correto na documentação: 'Uso de GPUs pelo Lammps'
Exemplo de script de submissão de um job para a fila 'umagpu'
#!/bin/bash ### Nome da fila de execucao ### #PBS -q umagpu ### Nome do job ### #PBS -N teste ### Nome do arquivo de saida ### #PBS -o saida ### Nome do arquivo de erros ### #PBS -e erro ### Recursos necessarios para execucao: ### ### nodes= Numero de nos computacionais ### ### ppn= Numero de processos por no ### ### Total de processos = nodes X ppn ### #PBS -l nodes=1:ppn=16 cd $PBS_O_WORKDIR echo "-----------------------------------------" echo "Inicio do job:" `date` module load lammps/nvidia-ngc ### A opcao -np indica o numero total de processos. ### $nv_lammps mpirun -np 1 lmp -sf gpu -pk gpu 1 -in arquivo_de_dados echo "Final do job:" `date` echo "-----------------------------------------"
Exemplo de script de submissão de um job para a fila 'duasgpus'
#!/bin/bash ### Nome da fila de execucao ### #PBS -q duasgpus ### Nome do job ### #PBS -N teste ### Nome do arquivo de saida ### #PBS -o saida ### Nome do arquivo de erros ### #PBS -e erro ### Recursos necessarios para execucao: ### ### nodes= Numero de nos computacionais ### ### ppn= Numero de processos por no ### ### Total de processos = nodes X ppn ### #PBS -l nodes=1:ppn=32 cd $PBS_O_WORKDIR echo "-----------------------------------------" echo "Inicio do job:" `date` module load lammps/nvidia-ngc ### A opcao -np indica o numero total de processos. ### $nv_lammps mpirun -np 2 lmp -sf gpu -pk gpu 2 -in arquivo_de_dados echo "Final do job:" `date` echo "-----------------------------------------"