Dell AMD EPYC 7662 / NVIDIA Tesla A100

Softwares Instalados

Categoria: Química/Física

Lammps-NVidia
Versão	15Jun2023
Descrição	LAMMPS-Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator
Documentação	Lammps Manual Uso de GPUs pelo Lammps Pacote KOKKOS para uso com GPUs
Licença	Open-Source License
Localização	https://www.lammps.org/

Como usar

Instalação customizada pela NVidia através do uso de 'container singularity', apenas para execuções
nas filas:'testegpu','miggpu','umagpu' e 'duasgpus'

- Módulo para ativação:

module load lammps/nvidia-ngc

Para máxima performance, é importante utilizar as seguintes opções na execução do programa 'lmp':

$nv_lammps  mpirun -np N_GPUS  lmp  -k on g N_GPUS -sf kk -pk kokkos cuda/aware on -in INPUT

N_GPUS = número de gpus, de 1 ate 2
INPUT = nome do arquivo de entrada de dados

Utilize e adapte o modelo de script de submissão dependendo da fila que será utilizada.

ATENÇÃO! Para processamento em GPUs,verifique o uso correto na documentação: 'Uso de GPUs pelo Lammps'

Exemplo de script de submissão de um job para a fila 'umagpu'

#!/bin/bash
### Nome da fila de execucao ###
#PBS -q umagpu

### Nome do job ###
#PBS -N teste

### Nome do arquivo de saida ###
#PBS -o saida

### Nome do arquivo de erros ###
#PBS -e erro

### Recursos necessarios para execucao:     ###
###   nodes=   Numero de nos computacionais ###
###   ppn=     Numero de processos por no   ###
### Total de processos = nodes X ppn        ###
#PBS -l nodes=1:ppn=16

cd $PBS_O_WORKDIR
echo "-----------------------------------------"
echo "Inicio do job:" `date`

module load lammps/nvidia-ngc

### A opcao -np indica o numero total de processos.    ###

$nv_lammps mpirun -np 1 lmp -k on g 1 -sf kk -pk kokkos cuda/aware on -in arquivo_de_dados

echo "Final do job:" `date`
echo "-----------------------------------------"

Exemplo de script de submissão de um job para a fila 'duasgpus'

#!/bin/bash
### Nome da fila de execucao ###
#PBS -q duasgpus

### Nome do job ###
#PBS -N teste

### Nome do arquivo de saida ###
#PBS -o saida

### Nome do arquivo de erros ###
#PBS -e erro

### Recursos necessarios para execucao:     ###
###   nodes=   Numero de nos computacionais ###
###   ppn=     Numero de processos por no   ###
### Total de processos = nodes X ppn        ###
#PBS -l nodes=1:ppn=32

cd $PBS_O_WORKDIR
echo "-----------------------------------------"
echo "Inicio do job:" `date`

module load lammps/nvidia-ngc

### A opcao -np indica o numero total de processos.    ###

$nv_lammps mpirun -np 2 lmp -k on g 2 -sf kk -pk kokkos cuda/aware on -in arquivo_de_dados

echo "Final do job:" `date`
echo "-----------------------------------------"