Dell AMD EPYC 7662 / NVIDIA Tesla A100

Softwares Instalados

Categoria: Química/Física

Gromacs-NVidia
Versão	2023.2
Descrição	GROMACS is a versatile package to perform molecular dynamics, i.e. simulate the Newtonian equations of motion for systems with hundreds to millions of particles. It is primarily designed for biochemical molecules like proteins, lipids and nucleic acids that have a lot of complicated bonded interactions, but since GROMACS is extremely fast at calculating the nonbonded interactions (that usually dominate simulations) many groups are also using it for research on non-biological systems, e.g. polymers.
Documentação	Documentação Geral do GROMACS GROMACS 2020 GPU optimization
Licença	LGPL
Localização	https://gromacs.org/

Como usar

Instalação customizada pela NVidia através do uso de 'container singularity', apenas para execuções
nas filas:'testegpu','miggpu','umagpu' e 'duasgpus'

- Módulo para ativação:

module load gromacs/nvidia-ngc

Para máxima performance, é importante utilizar as seguintes opções na execução do programa 'gmx':

$nv_gromacs  gmx  mdrun INPUT -nb gpu -bonded gpu -pme gpu -pin on -update gpu -notunepme

INPUT = Arquivo de entrada de dados.

Verifique os detalhes das otimizações feitas pela NVidia na documentação 'GROMACS 2020 GPU optimization'.
Utilize e adapte o modelo de script de submissão dependendo da fila que será utilizada.

Script de submissão para utilizar uma GPU, nas filas 'umagpu':

#!/bin/bash
### Nome da fila de execucao ###
#PBS -q umagpu

### Nome do job ###
#PBS -N teste

### Nome do arquivo de saida ###
#PBS -o saida

### Nome do arquivo de erros ###
#PBS -e erro

### Recursos necessarios para execucao:     ###
###   nodes=   Numero de nos computacionais ###
###   ppn=     Numero de processos por no   ###
### Total de processos = nodes X ppn        ###
#PBS -l nodes=1:ppn=16

cd $PBS_O_WORKDIR
echo "-----------------------------------------"
echo "Inicio do job:" `date`

### Configura ambiente para execucao do GROMACS ###

module load gromacs/nvidia-ngc

$nv_gromacs gmx mdrun -s arquivo_input.tpr \ 
               -ntmpi 4 -nb gpu -bonded gpu -pin on -v \ 
               -ntomp 4 -update gpu -notunepme

echo "Final do job:" `date`
echo "-----------------------------------------"

Script de submissão para utilizar duas GPUs, na fila 'duasgpus':

#!/bin/bash
### Nome da fila de execucao ###
#PBS -q duasgpus

### Nome do job ###
#PBS -N teste

### Nome do arquivo de saida ###
#PBS -o saida

### Nome do arquivo de erros ###
#PBS -e erro

### Recursos necessarios para execucao:     ###
###   nodes=   Numero de nos computacionais ###
###   ppn=     Numero de processos por no   ###
### Total de processos = nodes X ppn        ###
#PBS -l nodes=1:ppn=32

cd $PBS_O_WORKDIR
echo "-----------------------------------------"
echo "Inicio do job:" `date`

### Configura ambiente para execucao do GROMACS ###

module load gromacs/nvidia-ngc

$nv_gromacs gmx mdrun -s arquivo_input.tpr \ 
               -ntmpi 8 -npme 1 -nb gpu -bonded gpu -pme gpu -pin on -v \ 
               -ntomp 4 -update gpu -notunepme -nstlist 300

echo "Final do job:" `date`
echo "-----------------------------------------"