Dell AMD EPYC 7662 / NVIDIA Tesla A100

Softwares Instalados

Categoria: Química/Física

Quantum Espresso-NVidia
Versão	6.8
Descrição	Integrated suite of Open-Source computer codes for electronic-structure calculations and materials modeling at the nanoscale. It is based on density-functional theory, plane waves, and pseudopotentials.
Documentação	PWscf User's Guide
Licença	Open-Source
Localização	https://www.quantum-espresso.org/

Como usar

Instalação customizada pela NVidia através do uso de 'container singularity', apenas para execuções
do programa 'pw.x', nas filas:'testegpu','miggpu','umagpu' e 'duasgpus'

- Módulo para ativação:

module load espresso/nvidia-ngc

Para máxima performance, é importante utilizar as seguintes opções na execução do programa 'pw.x':

export SINGULARITY_BINDPATH=/work/$USER     Indicação da área de 'work' para o Espresso
export OMP_NUM_THREADS=N_THREADS

$nv_qe pw.x -in INPUT

N_THREADS = número de threads, de 1 ate 32
INPUT = nome do arquivo de entrada de dados

Utilize e adapte o modelo de script de submissão dependendo da fila que será utilizada.

ATENÇÃO, essa instalação do Quantum Espresso só permite a execução do programa 'pw.x' em GPUs.

Exemplo de script de submissão de um job para as filas 'umagpu':

#!/bin/bash
### Nome da fila de execucao ###
#PBS -q umagpu

### Nome do job ### 
#PBS -N teste 

### Nome do arquivo de saida ###
#PBS -o saida

### Nome do arquivo de erros ###
#PBS -e erro

### Recursos necessarios para execucao:     ###
###   nodes=   Numero de nos computacionais ###
###   ppn=     Numero de processos por no   ###
### Total de processos = nodes X ppn        ###
#PBS -l nodes=1:ppn=16 

cd $PBS_O_WORKDIR
echo "-----------------------------------------"
echo "Inicio do job:" `date`

### Configura o ambiente para executar o Espresso ### 

module load espresso/nvidia-ngc

### Criar subdiretorio para os temporarios gerados

mkdir -p /work/$USER
export SINGULARITY_BINDPATH=/work/$USER
export OMP_NUM_THREADS=16

$nv_qe pw.x -in input.in > resultados

echo "Final do job:" `date`
echo "-----------------------------------------"

Exemplo de script de submissão de um job para fial 'duasgpus':

#!/bin/bash
### Nome da fila de execucao ###
#PBS -q duasgpus

### Nome do job ### 
#PBS -N teste 

### Nome do arquivo de saida ###
#PBS -o saida

### Nome do arquivo de erros ###
#PBS -e erro

### Recursos necessarios para execucao:     ###
###   nodes=   Numero de nos computacionais ###
###   ppn=     Numero de processos por no   ###
### Total de processos = nodes X ppn        ###
#PBS -l nodes=1:ppn=32 

cd $PBS_O_WORKDIR
echo "-----------------------------------------"
echo "Inicio do job:" `date`

### Configura o ambiente para executar o Espresso ### 

module load espresso/nvidia-ngc

### Criar subdiretorio para os temporarios gerados

mkdir -p /work/$USER
export SINGULARITY_BINDPATH=/work/$USER
export OMP_NUM_THREADS=16

### A opcao -np indica o numero total de processos.  ###

$nv_qe mpirun -np 2 pw.x -in input.in > resultados

echo "Final do job:" `date`
echo "-----------------------------------------"

Preparação do arquivo de Input

IMPORTANTE : incluir no arquivo de input as diretivas :

 outdir = '/work/login_do_usuario'
 wfcdir = '/work/login_do_usuario'


OBS: Os arquivos nessa área temporária, ficarão disponíveis por no máximo
15 dias, contados a partir da data de criação do arquivo.