Dell AMD EPYC 7662 / NVIDIA Tesla A100

Softwares Instalados

Categoria: Química/Física

DFTB+
Versão	24.1
Descrição	DFTB+ is an implementation of the Density Functional based Tight Binding (DFTB) method.DFTB+ offers an approximate density functional theory based quantum simulation tool with functionalities similar to ab initio quantum mechanical packages while being one or two orders of magnitude faster. You can optimize the structure of molecules and solids, you can extract one electron spectra, band structures and various other useful quantities. Additionally, you can calculate electron transport under non-equilibrium conditions.
Documentação	Documentação Geral Exemplo de Uso de processamento paralelo MultiThreads - '... Parallelism in transport calculations ...'
Licença	PUBLIC
Localização	https://dftbplus.org/

Como usar

- Opções de módulos de ativação para uso:

DFTB+ 24.1

module load dftb+/cenapad-intel-threads               Paralelização apenas Multithread (OPENMP)
module load dftb+/cenapad-intel-mpi                   Paralelização apenas Multitask (MPI)
module load dftb+/cenapad-intel-threads-mpi           Paralelização híbrida Multithread+Multitask (OPENMP+MPI)
module load dftb+/cenapad-intel-threads-gpu           Paralelização híbrida Multithread+GPUs (OPENMP+GPUs)
module load dftb+/cenapad-intel-mpi-gpu               Paralelização híbrida Multitask+GPUs (MPI+GPUs)

Essas instalações foram feitas com os recursos:

Compiladores: Intel-2023.2.1
Bibliotecas : OpenMP (Processamento Multithread)
              Intel MPI-2021.10.0 (Processamento Multitask)
              CUDA-12.0.0 (Processamento em GPUs)
              Intel MKL-2023.2.0
              MAGMA-2.7.1
              ELSI-2.9.1
              ARPACK-NG-3.9.0

- Recursos do Software instalados: TRANSPORT, POISSON, SDFTD3, ELSI, ARPACK e PYTHON

Executáveis disponíveis nas pastas:

/opt/pub/dftb+/24.1/intel/2023.2.1/threads/bin
/opt/pub/dftb+/24.1/intel/2023.2.1/mpi/bin
/opt/pub/dftb+/24.1/intel/2023.2.1/threads_mpi/bin
/opt/pub/dftb+/24.1/intel/2023.2.1/threads_gpu/bin
/opt/pub/dftb+/24.1/intel/2023.2.1/mpi_gpu/bin

dftb+

ATENÇÃO!

Para o processamento paralelo 'multithreads', será necessário adaptar o arquivo de input 'dftb_in.hsd' com a opção 'UseOmpThreads = .true.'. Por favor, verifique na documentção do DFTB+

-Instalações antigas ainda disponíveis:

module load dftb+/23.1-intel                          Paralelização apenas Multitask (MPI), Intel OneAPI-2023.2.1
module load dftb+/22.2-gnu                            Paralelização apenas Multitask (MPI), GNU-9.4.0, Biblioteca OPENMPI-4.1.1

Exemplo de script de submissão de um job multitask na fila 'par16':

#!/bin/bash
### Nome da fila de execucao ###
#PBS -q par16

### Nome do job ###
#PBS -N teste

### Nome do arquivo de saida ###
#PBS -o saida

### Nome do arquivo de erros ###
#PBS -e erro

### Recursos alocados para execucao:
#PBS -l nodes=1:ppn=16

cd $PBS_O_WORKDIR
echo "-----------------------------------------"
echo "Inicio do job:" `date`

module load dftb+/cenapad-intel-mpi
export OMP_NUM_THREADS=1

mpirun -np 16 dftb+

echo "Final do job:" `date`
echo "-----------------------------------------"

Exemplo de script de submissão de um job multithread na fila 'par16':

#!/bin/bash
### Nome da fila de execucao ###
#PBS -q par16

### Nome do job ###
#PBS -N teste

### Nome do arquivo de saida ###
#PBS -o saida

### Nome do arquivo de erros ###
#PBS -e erro

### Recursos alocados para execucao:
#PBS -l nodes=1:ppn=16

cd $PBS_O_WORKDIR
echo "-----------------------------------------"
echo "Inicio do job:" `date`

module load dftb+/cenapad-intel-threads
export OMP_NUM_THREADS=16

dftb+

echo "Final do job:" `date`
echo "-----------------------------------------"

Exemplo de script de submissão de um job multitask+multithread na fila 'par128':

#!/bin/bash
### Nome da fila de execucao ###
#PBS -q par128

### Nome do job ###
#PBS -N teste

### Nome do arquivo de saida ###
#PBS -o saida

### Nome do arquivo de erros ###
#PBS -e erro

### Recursos alocados para execucao:
#PBS -l nodes=1:ppn=128

cd $PBS_O_WORKDIR
echo "-----------------------------------------"
echo "Inicio do job:" `date`

module load dftb+/cenapad-intel-threads-mpi
export OMP_NUM_THREADS=2

mpirun -np 64 dftb+

echo "Final do job:" `date`
echo "-----------------------------------------"

Exemplo de script de submissão de um job multithread na fila 'umagpu':

#!/bin/bash
### Nome da fila de execucao ###
#PBS -q umagpu

### Nome do job ###
#PBS -N teste

### Nome do arquivo de saida ###
#PBS -o saida

### Nome do arquivo de erros ###
#PBS -e erro

### Recursos alocados para execucao:
#PBS -l nodes=1:ppn=16

cd $PBS_O_WORKDIR
echo "-----------------------------------------"
echo "Inicio do job:" `date`

module load dftb+/cenapad-intel-threads-gpu
export OMP_NUM_THREADS=16

dftb+

echo "Final do job:" `date`
echo "-----------------------------------------"