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Categoria: Programação

DeepMD-Kit
Versão	2.0.3, 2.1.3, 2.2.10
Descrição	DeepMD-Kit is a package written in Python/C++, designed to minimize the effort required to build deep learning based model of interatomic potential energy and force field and to perform molecular dynamics (MD). This brings new hopes to addressing the accuracy-versus-efficiency dilemma in molecular simulations. Applications of DeePMD-kit span from finite molecules to extended systems and from metallic systems to chemically bonded systems.
Documentação	Documentação
Licença	licensed under GNU LGPLv3.0
Localização	https://deepmodeling.com/

Como usar

- Opções de módulos de ativação para uso:

DeepMD-Kit 2.0.3

module load deepmd-kit/2.0.3-gpu

     Compilador: GNU GCC-8.5.0
    Executáveis: /opt/pub/anaconda3/2024.02-1/envs/deepmd-gpu/bin
       Recursos: dp, dp-ipi, i-pi, cuda, tensorflow (Somente para processamentos em GPUs)

DeepMD-Kit 2.1.3

module load deepmd-kit/2.1.3

     Compilador: Intel OneAPI-2022.0.1
    Executáveis: /opt/pub/spack/anaconda3/2021.05/intel/2022.0.1/envs/deepmd/bin
       Recursos: dp, dp-ipi, cuda, tensorflow (Para processamento em CPUs e GPUs)

DeepMD-Kit 2.2.10

module load deepmd-kit/2.2.10-cpu

     Compilador: GNU GCC-8.5.0
    Executáveis: /opt/pub/anaconda3/2024.02-1/envs/deepmd-cpu/bin
       Recursos: dp, dp-ipi, cuda, tensorflow (Somente para processamentos em CPUs)

Exemplo de script para submissao e processamento em filas do PBS (Fila: duasgpus)

#!/bin/bash
### Nome da fila de execucao ###
#PBS -q duasgpus

### Nome do job ###
#PBS -N teste

### Nome do arquivo de saida ###
#PBS -o saida

### Nome do arquivo de erros ###
#PBS -e erro

### Recursos necessarios para execucao:
###   1 node, 16 cpus, 1 gpu (fila umagpu) 
###   ou 1 node, 32 cpus, 2 gpus (fila duasgpus)
### Nao eh necessario especificar diretiva -l nodes=X,ppn=Y.
###  Numero de cpus eh configurado automaticamente de acordo com a fila

cd $PBS_O_WORKDIR
echo "-----------------------------------------"
echo "Inicio do job:" `date`

module load deepmd-kit/2.1.3

export OMP_NUM_THREADS=2
export TF_INTRA_OP_PARALLELISM_THREADS=2
export TF_INTER_OP_PARALLELISM_THREADS=1

dp train input.json

echo "Final do job:" `date`
echo "-----------------------------------------"