Dell AMD EPYC 7662 / NVIDIA Tesla A100
Softwares Instalados
CP2K |
Versão |
8.2 e 2023.2 |
Descrição |
CP2K is a program to perform atomistic and molecular
simulations of solid state, liquid, molecular, and biological systems.
It provides a general framework for different methods such as e.g.,
density functional theory (DFT) using a mixed Gaussian and plane waves
approach (GPW) and classical pair and many-body potentials.
|
Documentação |
Documentação do CP2K
|
Licença |
PUBLIC |
Localização |
http://www.cp2k.org/ |
Como usar
- Módulos de ativação para uso:
module load cp2k/cenapad-intel-mkl CP2K-2023.2 com MKL/CUDA/LIBXC/LIBINT
module load cp2k/8.2-intel-2021.3.0 CP2K-8.2 com MKL/CUDA/LIBXC/LIBINT
- Executáveis disponíveis na pasta:
/opt/pub/cp2k/8.2/intel/2021.3.0/bin
/opt/pub/cp2k/2023.2/intel/2021.3.0/bin
cp2k.popt Processamento paralelo multitask - MPI
cp2k.psmp Processamento paralelo híbrido: multitask+multithread - MPI+OpenMP
cp2k.psmp_gpu Processamento paralelo híbrido: multitask+multithread+CUDA - MPI+OpenMP+GPU
OBS: Ambas as instalações processam com a biblioteca LIBINT-CP2k LMAX=5
Exemplo de script de submissão de um job apenas MPI para a fila 'par128':
#!/bin/bash
### Nome da fila de execução ###
#PBS -q par128
### Nome do job ###
#PBS -N teste
### Nome do arquivo de saida ###
#PBS -o saida
### Nome do arquivo de erros ###
#PBS -e erros
### Recursos necessarios para execução: ###
### nodes= Numero de nos computacionais ###
### ppn= Numero de processos por no ###
### Total de processos = nodes X ppn ###
#PBS -l nodes=1:ppn=128
cd $PBS_O_WORKDIR
echo "-----------------------------------------"
echo "Inicio do job:" `date`
### Configura ambiente para execução do CP2K ###
module load cp2k/cenapad-intel-mkl
export OMP_NUM_THREADS=1
ulimit -s unlimited
### A opção -np indica o numero total de processos. ###
mpirun -np 128 cp2k.popt dados.inp
echo "Final do job:" `date`
echo "-----------------------------------------"
Exemplo de script de submissão de um job híbrido MPI+OPENMP para a fila 'par128':
#!/bin/bash
### Nome da fila de execução ###
#PBS -q par128
### Nome do job ###
#PBS -N teste
### Nome do arquivo de saida ###
#PBS -o saida
### Nome do arquivo de erros ###
#PBS -e erros
### Recursos necessarios para execução: ###
### nodes= Numero de nos computacionais ###
### ppn= Numero de processos por no ###
### Total de processos = nodes X ppn ###
#PBS -l nodes=1:ppn=128
cd $PBS_O_WORKDIR
echo "-----------------------------------------"
echo "Inicio do job:" `date`
### Configura ambiente para execução do CP2K ###
module load cp2k/cenapad-intel-mkl
export OMP_NUM_THREADS=2
ulimit -s unlimited
### A opção -np indica o numero total de processos. ###
mpirun -np 64 cp2k.psmp dados.inp
echo "Final do job:" `date`
echo "-----------------------------------------"
Exemplo de script de submissão de um job híbrido MPI+GPU para a fila 'umagpu':
#!/bin/bash
### Nome da fila de execução ###
#PBS -q umagpu
### Nome do job ###
#PBS -N teste
### Nome do arquivo de saida ###
#PBS -o saida
### Nome do arquivo de erros ###
#PBS -e erros
### Recursos necessarios para execução: ###
### nodes= Numero de nos computacionais ###
### ppn= Numero de processos por no ###
### Total de processos = nodes X ppn ###
#PBS -l nodes=1:ppn=16
cd $PBS_O_WORKDIR
echo "-----------------------------------------"
echo "Inicio do job:" `date`
### Configura ambiente para execução do CP2K ###
module load cp2k/cenapad-intel-mkl
export OMP_NUM_THREADS=1
ulimit -s unlimited
### A opção -np indica o numero total de processos. ###
mpirun -np 16 cp2k.psmp_gpu dados.inp
echo "Final do job:" `date`
echo "-----------------------------------------"