Dell AMD EPYC 7662 / NVIDIA Tesla A100

Softwares Instalados

Categoria: Química/Física

CP2K
Versão	2023.2, 2024.3
Descrição	CP2K is a program to perform atomistic and molecular simulations of solid state, liquid, molecular, and biological systems. It provides a general framework for different methods such as e.g., density functional theory (DFT) using a mixed Gaussian and plane waves approach (GPW) and classical pair and many-body potentials.
Documentação	Documentação do CP2K
Licença	PUBLIC
Localização	http://www.cp2k.org/

Como usar

- Opções de módulos de ativação para uso:

CP2K-2024.3

module load cp2k/cenapad-gnu-openmpi-mkl

     Compilador: GNU gcc-9.4.0
    Executáveis: /opt/pub/cp2k/2024.3/gcc/9.4.0/bin

                 cp2k.psmp         Processamento paralelo híbrido: multitask+multithread - MPI+OpenMP

       Recursos: OpenMPI, Intel MKL, LIBXC, LIBINT, ELPA

module load cp2k/cenapad-gnu-openmpi-mkl-gpu

     Compilador: GNU gcc-9.4.0
    Executáveis: /opt/pub/cp2k/2024.3/gcc/9.4.0/gpu/bin

                 cp2k.psmp_gpu     Processamento paralelo híbrido: multitask+multithread+CUDA - MPI+OpenMP+GPU

       Recursos: OpenMPI, Intel MKL, LIBXC, LIBINT, ELPA, CUDA

CP2K-2023.2

module load cp2k/cenapad-intel-mkl

     Compilador: Intel OneAPI-2021.3.0
    Executáveis: /opt/pub/cp2k/2023.2/intel/2021.3.0/bin

                 cp2k.ssmp         Processamento paralelo apenas multithread - OpenMP
                 cp2k.psmp         Processamento paralelo híbrido: multitask+multithread - MPI+OpenMP
                 cp2k.psmp_gpu     Processamento paralelo híbrido: multitask+multithread+CUDA - MPI+OpenMP+GPU

       Recursos: Intel MPI, Intel MKL, LIBXC, LIBINT, ELPA, CUDA

Exemplo de script de submissão de um job apenas MPI para a fila 'par128':

#!/bin/bash

### Nome da fila de execução ###
 #PBS -q par128

### Nome do job ###
 #PBS -N teste

### Nome do arquivo de saida ###
 #PBS -o saida

### Nome do arquivo de erros ###
 #PBS -e erros

### Recursos necessarios para execução:     ###
###   nodes=   Numero de nos computacionais ###
###   ppn=     Numero de processos por no   ###
### Total de processos = nodes X ppn        ###
 #PBS -l nodes=1:ppn=128

cd $PBS_O_WORKDIR

echo "-----------------------------------------"

echo "Inicio do job:" `date`

### Configura ambiente para execução do CP2K ###

module load cp2k/cenapad-intel-mkl

export OMP_NUM_THREADS=1

ulimit -s unlimited

### A opção -np indica o numero total de processos.  ###

mpirun -np 128 cp2k.popt dados.inp

echo "Final do job:" `date`

echo "-----------------------------------------"

Exemplo de script de submissão de um job híbrido MPI+OPENMP para a fila 'par128':

#!/bin/bash

### Nome da fila de execução ###
 #PBS -q par128

### Nome do job ###
 #PBS -N teste

### Nome do arquivo de saida ###
 #PBS -o saida

### Nome do arquivo de erros ###
 #PBS -e erros

### Recursos necessarios para execução:     ###
###   nodes=   Numero de nos computacionais ###
###   ppn=     Numero de processos por no   ###
### Total de processos = nodes X ppn        ###
 #PBS -l nodes=1:ppn=128

cd $PBS_O_WORKDIR

echo "-----------------------------------------"

echo "Inicio do job:" `date`

### Configura ambiente para execução do CP2K ###

module load cp2k/cenapad-intel-mkl

export OMP_NUM_THREADS=2

ulimit -s unlimited

### A opção -np indica o numero total de processos.  ###

mpirun -np 64 cp2k.psmp dados.inp

echo "Final do job:" `date`

echo "-----------------------------------------"

Exemplo de script de submissão de um job híbrido MPI+GPU para a fila 'umagpu':

#!/bin/bash

### Nome da fila de execução ###
 #PBS -q umagpu

### Nome do job ###
 #PBS -N teste

### Nome do arquivo de saida ###
 #PBS -o saida

### Nome do arquivo de erros ###
 #PBS -e erros

### Recursos necessarios para execução:     ###
###   nodes=   Numero de nos computacionais ###
###   ppn=     Numero de processos por no   ###
### Total de processos = nodes X ppn        ###
 #PBS -l nodes=1:ppn=16

cd $PBS_O_WORKDIR

echo "-----------------------------------------"

echo "Inicio do job:" `date`

### Configura ambiente para execução do CP2K ###

module load cp2k/cenapad-gnu-openmpi-mkl-gpu

export OMP_NUM_THREADS=1

ulimit -s unlimited

### A opção -np indica o numero total de processos.  ###

mpirun -np 16 cp2k.psmp_gpu dados.inp

echo "Final do job:" `date`

echo "-----------------------------------------"