Dell AMD EPYC 7662 / NVIDIA Tesla A100

Softwares Instalados

Categoria: Química/Física

CP2K-NVidia
Versão	2024.3
Descrição	CP2K is a program to perform atomistic and molecular simulations of solid state, liquid, molecular, and biological systems. It provides a general framework for different methods such as e.g., density functional theory (DFT) using a mixed Gaussian and plane waves approach (GPW) and classical pair and many-body potentials.
Documentação	Documentação do CP2K CP2K NVidia
Licença	PUBLIC
Localização	http://www.cp2k.org/

Como usar

Instalação customizada pela NVidia através do uso de 'container singularity', apenas para execuções
nas filas:'testegpu','miggpu','umagpu' e 'duasgpus'

- Módulo para ativação:

module load cp2k/nvidia-ngc

É importante utilizar as seguintes opções na execução do programa 'cp2k.psmp':

$nv_cp2k mpirun --bind-to none -n nproc cp2k.psmp -i input.inp

nproc = Número de processos
input.inp = Arquivo de entrada de dados.

Utilize e adapte o modelo de script de submissão dependendo da fila que será utilizada.

Exemplo de script de submissão de um job híbrido MPI+GPU para a fila 'miggpu':

#!/bin/bash

### Nome da fila de execução ###
 #PBS -q miggpu

### Nome do job ###
 #PBS -N teste

### Nome do arquivo de saida ###
 #PBS -o saida

### Nome do arquivo de erros ###
 #PBS -e erros

### Recursos necessarios para execução:     ###
###   nodes=   Numero de nos computacionais ###
###   ppn=     Numero de processos por no   ###
### Total de processos = nodes X ppn        ###
 #PBS -l nodes=1:ppn=8

cd $PBS_O_WORKDIR

echo "-----------------------------------------"

echo "Inicio do job:" `date`

### Configura ambiente para execução do CP2K ###

module load cp2k/nvidia-ngc

export OMP_NUM_THREADS=1
unset CUDA_VISIBLE_DEVICES

ulimit -s unlimited

### A opção -n indica o numero total de processos.  ###

$nv_cp2k mpirun -n 8 cp2k.psmp dados.inp

echo "Final do job:" `date`

echo "-----------------------------------------"

Exemplo de script de submissão de um job híbrido MPI+GPU para a fila 'umagpu':

#!/bin/bash

### Nome da fila de execução ###
 #PBS -q umagpu

### Nome do job ###
 #PBS -N teste

### Nome do arquivo de saida ###
 #PBS -o saida

### Nome do arquivo de erros ###
 #PBS -e erros

### Recursos necessarios para execução:     ###
###   nodes=   Numero de nos computacionais ###
###   ppn=     Numero de processos por no   ###
### Total de processos = nodes X ppn        ###
 #PBS -l nodes=1:ppn=16

cd $PBS_O_WORKDIR

echo "-----------------------------------------"

echo "Inicio do job:" `date`

### Configura ambiente para execução do CP2K ###

module load cp2k/nvidia-ngc

export OMP_NUM_THREADS=1

ulimit -s unlimited

### A opção -n indica o numero total de processos.  ###

$nv_cp2k mpirun -n 16 cp2k.psmp dados.inp

echo "Final do job:" `date`

echo "-----------------------------------------"