Dell AMD EPYC 7662 / NVIDIA Tesla A100

Softwares Instalados

Categoria: Utilitários

Conda
Versão	Anaconda3 2025.06-0 / Miniconda3 25.7.0-2
Descrição	Conda é um sistema open-source de gerenciamento de pacotes e ambientes. Instala, atualiza e gerencia dependências de forma rápida e reprodutível. Embora criado para Python, suporta pacotes de qualquer linguagem. No CENAPAD-SP, as instalações centrais (Anaconda3 e Miniconda3) possuem base somente-leitura — os usuários criam ambientes próprios no $HOME.
Documentação	User's Guide (Conda) Anaconda vs Miniconda — qual escolher? Repositório de Pacotes (conda-forge) Referência de Comandos
Licença	Free
Localização	https://docs.conda.io/projects/conda/en/latest/index.html

Como usar

▶ Módulos recomendados (instalação central — base somente-leitura)

★ Miniconda3 — instalação mínima, leve e rápida.
Ideal para quem quer montar seu ambiente do zero, instalando apenas o necessário.

   module load miniconda3              Miniconda3 25.7.0-2  (padrão)

★ Anaconda3 — distribuição completa com ~300 pacotes científicos.
Já inclui numpy, pandas, scipy, matplotlib, scikit-learn, jupyter e muitos outros.

   module load anaconda3               Anaconda3 2025.06-0  (padrão)
   module load anaconda3/2024.02-1     Anaconda3 2024.02-1

⚠ Antes de usar — leia com atenção

  • O ambiente base é central e somente-leitura — não instale pacotes nele.

  • Seus ambientes ficam isolados em:
     ~/.conda/cenapad_miniconda3/ ou ~/.conda/cenapad_anaconda3/

  • Se seu shell já mostra (base) no prompt, há um conda pessoal ativo.
     O módulo não carregará — abra um shell limpo primeiro.

  • Não rode conda init — o módulo já configura tudo automaticamente.

▶ Alternativa: instalar Miniconda3 no seu $HOME

  Se preferir ter controle total sobre a instalação, você pode instalar o
  Miniconda3 diretamente na sua conta. Nesse caso, não carregue os módulos
  centrais (anaconda3/miniconda3) para evitar conflitos.

   ### Baixar e instalar
   wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
   bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh -b -p $HOME/miniconda3
   rm Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

   ### Ativar no shell atual
   eval "$($HOME/miniconda3/bin/conda shell.bash hook)"

   ### (Opcional) Tornar permanente
   conda init bash

  Atenção: ao rodar conda init, o conda pessoal será ativado automaticamente
  a cada login. Isso impede o uso dos módulos centrais (anaconda3/miniconda3).
  Se quiser voltar a usar os módulos, remova o bloco conda init do ~/.bashrc.

▶ Documentação completa no terminal

  Para instruções detalhadas (exemplos PBS, canais, libmamba, boas práticas), rode:

   module help miniconda3
   module help anaconda3

Passo a passo — criar e usar um ambiente

# -------------------------------------------------------
# 1. Carregar o módulo
# -------------------------------------------------------

module load miniconda3

# -------------------------------------------------------
# 2. Criar um ambiente (exemplo com Python 3.11)
# -------------------------------------------------------

conda create -n meuenv python=3.11 -y

# -------------------------------------------------------
# 3. Ativar o ambiente
# -------------------------------------------------------

conda activate meuenv

# -------------------------------------------------------
# 4. Instalar pacotes
# -------------------------------------------------------

conda install numpy pandas matplotlib

# -------------------------------------------------------
# 5. Verificar o que está instalado
# -------------------------------------------------------

conda list

# -------------------------------------------------------
# 6. Ao terminar, desativar
# -------------------------------------------------------

conda deactivate

Exemplo de script PBS

#!/bin/bash
#PBS -N meu_job
#PBS -q fila
#PBS -j oe

cd "$PBS_O_WORKDIR"

# --- Carregar módulo e ativar ambiente ---
module load miniconda3
conda activate meuenv

# --- Executar ---
python script.py

# --- Limpar ---
conda deactivate

Exemplo — Bioinformática (conda-forge + bioconda)

# Criar ambiente com ferramentas Bio
# Ordem recomendada de canais: conda-forge > bioconda > defaults

module load miniconda3

conda create -n bioenv --strict-channel-priority \
   -c conda-forge -c bioconda -c defaults \
   python=3.11 samtools bedtools fastqc -y

conda activate bioenv

# Verificar versões instaladas
samtools --version
fastqc --version

Exportar e importar ambientes (reprodutibilidade)

# Exportar um ambiente para arquivo YAML
conda env export -n meuenv --from-history > meuenv.yml

# Recriar o mesmo ambiente em outra conta ou máquina
conda env create -n meuenv -f meuenv.yml

Referência rápida de comandos

# --- Informações ---
conda info                          Informações gerais
conda env list                      Lista seus ambientes
conda list                          Pacotes do ambiente ativo

# --- Criar / ativar / desativar ---
conda create -n <env> python=3.11   Cria um ambiente novo
conda activate <env>                Ativa um ambiente
conda deactivate                    Desativa o ambiente atual

# --- Pacotes ---
conda install <pacote>              Instala pacote no env ativo
conda remove  <pacote>              Remove pacote do env ativo

# --- Manutenção ---
conda env remove -n <env>           Remove um ambiente inteiro
conda clean --all                   Limpa cache de pacotes
conda update --all                  Atualiza todos os pacotes do env

Cuidados importantes

NÃO rode 'conda init'
   O módulo já configura o shell automaticamente.
   Rodar 'conda init' altera seu ~/.bashrc e causa conflitos.

NÃO rode 'conda update conda' no base
   O base é somente-leitura. Se precisar de versão mais nova:
      conda activate meuenv
      conda install conda

Em scripts PBS, NÃO faça 'source ~/.bashrc'
   Isso pode reativar um conda pessoal e causar conflito.
   Use apenas:  module load ... + conda activate ...

Verifique sempre qual Python está ativo
   which python
   python -c 'import sys; print(sys.executable)'