Dell AMD EPYC 7662 / NVIDIA Tesla A100

Softwares Instalados

Categoria: Química/Física

AmberTools
Versão	25
Descrição	AmberTools is a set of programs for biomolecular simulation and analysis, with either explicit water or generalized Born solvent models
Documentação	Amber 25 Reference Manual
Licença	GNU General Public License
Localização	https://ambermd.org/AmberTools.php

Como usar

- Módulo de ativação para uso:

module load ambertools/cenapad-gnu-openmpi-gpu

- Recursos utilizados:

Compiladores: GNU 9.4.0
Bibliotecas : OpenMP (Processamento Mulithread)
              OpenMPI-4.1.1 (Processamento Multitask)
              CUDA-12.0.0 (Processamento em GPUs)

- Executáveis disponíveis na pasta:

/opt/pub/ambertools/25/gcc/9.4.0/bin

Exemplo de script para execução do recurso 'cpptraj' na fila 'par128':

#!/bin/bash

### Nome da fila de execução ###
 #PBS -q par128

### Nome do job ###
 #PBS -N teste

### Nome do arquivo de saida ###
 #PBS -o OUTPUT

### Nome do arquivo de erros ###
 #PBS -e ERRO

### Recursos necessarios para execução:     ###
###   nodes=   Numero de nos computacionais ###
###   ppn=     Numero de processos por no   ###
### Total de processos = nodes X ppn        ###
 #PBS -l nodes=1:ppn=128

cd $PBS_O_WORKDIR

echo "-----------------------------------------"

echo "Inicio do job:" `date`

### Configura o ambiente para execução do AmberTools ###

module load ambertools/cenapad-gnu-openmpi-gpu

export OMP_NUM_THREADS=1

### A opção -n indica o numero total de processos.  ###

mpirun -np 128 cpptraj.MPI ... 

echo "Final do job:" `date`

echo "-----------------------------------------"