Dell AMD EPYC 7662 / NVIDIA Tesla A100
Softwares Instalados
Categoria: Química/Física
AmberTools | |
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Versão | 22 |
Descrição | AmberTools is a set of programs for biomolecular simulation and analysis, with either explicit water or generalized Born solvent models |
Documentação |
Amber 22 Reference Manual |
Licença | GNU General Public License |
Localização | https://ambermd.org/AmberTools.php |
Como usar
- Módulo de ativação para uso:
module load ambertools/cenapad-gnu-openmpi-gpu
- Recursos utilizados:
Compiladores: GNU 9.4.0
Bibliotecas : OpenMP (Processamento Mulithread)
OpenMPI-4.1.1 (Processamento Multitask)
CUDA-11.5.0 (Processamento em GPUs)
- Executáveis disponíveis na pasta:
/opt/pub/ambertools/22/gcc/9.4.0/bin
Exemplo de script para execução do recurso 'cpptraj' na fila 'par128':
#!/bin/bash ### Nome da fila de execução ### #PBS -q par128 ### Nome do job ### #PBS -N teste ### Nome do arquivo de saida ### #PBS -o OUTPUT ### Nome do arquivo de erros ### #PBS -e ERRO ### Recursos necessarios para execução: ### ### nodes= Numero de nos computacionais ### ### ppn= Numero de processos por no ### ### Total de processos = nodes X ppn ### #PBS -l nodes=1:ppn=128 cd $PBS_O_WORKDIR echo "-----------------------------------------" echo "Inicio do job:" `date` ### Configura o ambiente para execução do AmberTools ### module load ambertools/cenapad-gnu-openmpi-gpu export OMP_NUM_THREADS=1 ### A opção -n indica o numero total de processos. ### mpirun -np 128 cpptraj.MPI ... echo "Final do job:" `date` echo "-----------------------------------------"