Dell AMD EPYC 7662 / NVIDIA Tesla A100

Softwares Instalados

Categoria: Química/Física

Amber (Licenciado pelo usuário)
Versão
Descrição	Amber is a suite of biomolecular simulation programs. The term 'Amber' refers to two things. First, it is a set of molecular mechanical force fields for the simulation of biomolecules (these force fields are in the public domain, and are used in a variety of simulation programs). Second, it is a package of molecular simulation programs which includes source code and demos.
Documentação	Manuais de Referência do Amber Solicitação de Licença
Licença	Licenciado pelo usuário
Localização	https://ambermd.org

Como usar

O CENAPAD-SP adaptou um "script" que configura e instala o programa AMBER na conta do usuário, mas é necessário
que o usuário possua uma licença privativa do AMBER para obter o software e transferí-lo para a sua conta.

Vide 'Solicitação de Licença' no item Documentação

Após obter e transferir o pacote AMBER e o pacote AMBERTOOLS, basta executar o comando abaixo e responder ao que
for solicitado.

source /opt/pub/scripts/instala_amber.sh xx

OBS: xx é a versão do AMBER para ser instalada (A partir da versão 22).

Exemplo: Instalação da versão AMBER 24

source /opt/pub/scripts/instala_amber.sh 24

ATENÇÃO! A instalação do AMBER irá disponibilizar na conta do usuário, um módulo para ativação e configuração da
execução. Utilize esse módulo nos scripts de submissão.

Exemplo de script para execução na fila 'par128':

#!/bin/bash

### Nome da fila de execução ###
 #PBS -q par128

### Nome do job ###
 #PBS -N teste

### Nome do arquivo de saida ###
 #PBS -o OUTPUT

### Nome do arquivo de erros ###
 #PBS -e ERRO

### Recursos necessarios para execução:     ###
###   nodes=   Numero de nos computacionais ###
###   ppn=     Numero de processos por no   ###
### Total de processos = nodes X ppn        ###
 #PBS -l nodes=1:ppn=128

cd $PBS_O_WORKDIR

echo "-----------------------------------------"

echo "Inicio do job:" `date`

### Configura o ambiente para execução do Amber ###

module load amber/...

export OMP_NUM_THREADS=1

### A opção -np indica o numero total de processos.  ###

mpirun -np 128 pmend.MPI ... 

echo "Final do job:" `date`

echo "-----------------------------------------"

Exemplo de script para execução na fila 'umagpu':

#!/bin/bash

### Nome da fila de execução ###
 #PBS -q umagpu

### Nome do job ###
 #PBS -N teste

### Nome do arquivo de saida ###
 #PBS -o OUTPUT

### Nome do arquivo de erros ###
 #PBS -e ERRO

### Recursos necessarios para execução:     ###
###   nodes=   Numero de nos computacionais ###
###   ppn=     Numero de processos por no   ###
### Total de processos = nodes X ppn        ###
 #PBS -l nodes=1:ppn=16

cd $PBS_O_WORKDIR

echo "-----------------------------------------"

echo "Inicio do job:" `date`

### Configura o ambiente para execução do Amber ###

module load amber/...

export OMP_NUM_THREADS=16

pmend.cuda ... 

echo "Final do job:" `date`

echo "-----------------------------------------"

Exemplo de script para execução na fila 'duasgpus':

#!/bin/bash

### Nome da fila de execução ###
 #PBS -q duasgpus

### Nome do job ###
 #PBS -N teste

### Nome do arquivo de saida ###
 #PBS -o OUTPUT

### Nome do arquivo de erros ###
 #PBS -e ERRO

### Recursos necessarios para execução:     ###
###   nodes=   Numero de nos computacionais ###
###   ppn=     Numero de processos por no   ###
### Total de processos = nodes X ppn        ###
 #PBS -l nodes=1:ppn=32

cd $PBS_O_WORKDIR

echo "-----------------------------------------"

echo "Inicio do job:" `date`

### Configura o ambiente para execução do Amber ###

module load amber/...

export OMP_NUM_THREADS=1
export CUDA_VISIBLE_DEVICES=0,1

### A opção -np indica o numero total de processos.  ###

mpirun -np 2 pmend.cuda.MPI ... 

echo "Final do job:" `date`

echo "-----------------------------------------"