Dell AMD EPYC 7662 / NVIDIA Tesla A100

Softwares Instalados

Categoria: Química/Física

Amber (Licenciado pelo usuário)
Versão	22
Descrição	Amber is a suite of biomolecular simulation programs. The term 'Amber' refers to two things. First, it is a set of molecular mechanical force fields for the simulation of biomolecules (these force fields are in the public domain, and are used in a variety of simulation programs). Second, it is a package of molecular simulation programs which includes source code and demos.
Documentação	Amber 22 Reference Manual Solicitação de Licença
Licença	Licenciado pelo usuário
Localização	https://ambermd.org

Como usar

O Software Amber deve ser licenciado pelo usuário e a instalação é feita na conta do usuário. Acesse o link sobre licença na Documentação

Exemplo de script para execução na fila 'par128':

#!/bin/bash

### Nome da fila de execução ###
 #PBS -q par128

### Nome do job ###
 #PBS -N teste

### Nome do arquivo de saida ###
 #PBS -o OUTPUT

### Nome do arquivo de erros ###
 #PBS -e ERRO

### Recursos necessarios para execução:     ###
###   nodes=   Numero de nos computacionais ###
###   ppn=     Numero de processos por no   ###
### Total de processos = nodes X ppn        ###
 #PBS -l nodes=1:ppn=128

cd $PBS_O_WORKDIR

echo "-----------------------------------------"

echo "Inicio do job:" `date`

### Configura o ambiente para execução do Amber ###

module load amber/22-gcc-9.4.0

export OMP_NUM_THREADS=1

### A opção -n indica o numero total de processos.  ###

mpirun -np 128 pmend.MPI ... 

echo "Final do job:" `date`

echo "-----------------------------------------"