Dell AMD EPYC 7662 / NVIDIA Tesla A100

Softwares Instalados

Categoria: Química/Física

GMX_MMPBSA
Versão	github
Descrição	gmx_MMPBSA is a new tool based on AMBER's MMPBSA.py aiming to perform end-state free energy calculations with GROMACS files. It works with all GROMACS versions along with AmberTools >= 20.
Documentação	gmx_MMPBSA docs
Licença	GPL-3.0 license
Localização	https://github.com/Valdes-Tresanco-MS/gmx_MMPBSA/

Como usar

- Ativação para uso:

source /opt/pub/gmx_MMPBSA/gmx_MMPBSA.sh

- Recursos utilizados:

Compiladores: GNU 12.2.0
Bibliotecas : OpenMP (Processamento Mulithread)
              OpenMPI-5.0.5 (Processamento Multitask)

- Executáveis disponíveis na pasta:
/opt/pub/gmx_MMPBSA/ambertools24/miniconda/bin/gmx_MMPBSA

Exemplo de script para execução do recurso 'gmx_MMPBSA' na fila 'testes':

#!/bin/bash

### Nome da fila de execução ###
 #PBS -q testes

### Nome do job ###
 #PBS -N teste

### Nome do arquivo de saida ###
 #PBS -o OUTPUT

### Nome do arquivo de erros ###
 #PBS -e ERRO

### Recursos necessarios para execução:     ###
###   nodes=   Numero de nos computacionais ###
###   ppn=     Numero de processos por no   ###
### Total de processos = nodes X ppn        ###
 #PBS -l nodes=1:ppn=2

cd $PBS_O_WORKDIR

echo "-----------------------------------------"

echo "Inicio do job:" `date`

### Configura o ambiente para execução do gmx_MMPBSA ###

source /opt/pub/gmx_MMPBSA/gmx_MMPBSA.sh

export OMP_NUM_THREADS=1

### A opção -n indica o numero total de processos.  ###

mpirun -np 2 gmx_MMPBSA ... 

echo "Final do job:" `date`

echo "-----------------------------------------"