Projetos Ativos
Publicações do projeto
| proj639 | Universidade Estadual Paulista | Ins.Biociencias Letras Cienc. Exatas |
|---|---|---|
| Estudo de sistemas de interesse ambiental e biologico por simulacoes de Dinamica Molecular | ||
| Publicações | Mestrado | Doutorado |
| 23 | 3 | 2 |
| Publicação J. Chem. Inf. Model. |
Data, Vol/Fasc/Pag 2023, 63, 21, 6807-6822. |
| Título Alchemical Calc. Relative Free Energies for Charge-Changing Mutations at Protein-Protein Interfaces Considering Fixed and Variable Protonation States | |
| Autores Jorge Enrique Hernandez Gonzales and Alexandre Suman de Araujo. | |
| Publicação J. Phys. Chem. B. |
Data, Vol/Fasc/Pag 2024, 128, 1, 163-171. |
| Título Probing Mastoparan-like Antimicrobial Peptides Interaction with Model Membrane Through Energy Landscape Analysis. | |
| Autores Ingrid B. S. Martins et al. | |
| Publicação 47h Annual Meeting of the Brazilian Biophysical Society. |
Data, Vol/Fasc/Pag October 19 to 23, 2024. |
| Título GRB2 Y160F: A VERSATILE MUTATION TO STUDY OLIGOMERIC TRANSITIONS AND SIGNALING REGULATION. | |
| Autores Giovana Casteluci Moreira et al. | |
| Publicação 47h Annual Meeting of the Brazilian Biophysical Society. |
Data, Vol/Fasc/Pag October 19 to 23, 2024. |
| Título COMPUTATIONAL ANALYSIS OF MASTOPARAN ANALOG PEPTIDES: INSIGHTS INTO ANTIBIOTIC ACTIVITY AND CONFORMATIONAL LANDSCAPE. | |
| Autores Ingrid B. S. Martins et al. | |
| Publicação 47h Annual Meeting of the Brazilian Biophysical Society. |
Data, Vol/Fasc/Pag October 19 to 23, 2024. |
| Título STUDY OF ADSORPTION AND STRUCTURING OF L1A ANTIMICROBIAL PEPTIDE TO BACTERIAL MODEL MEMBRANE BY MOLECULAR DYNAMICS SIMULATIONS. | |
| Autores Marina Rodrigues Pereira, Ingrid Bernardes Santana Martins, Alexandre Suman de Araujo. | |
| Publicação 47h Annual Meeting of the Brazilian Biophysical Society. |
Data, Vol/Fasc/Pag October 19 to 23, 2024. |
| Título STUDY OF ACTION AND INTERACTION OF THE ANTIMICROBIAL PEPTIDE MP1 WITH A MODEL OF CANCER CELL MEMBRANES BY MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION. | |
| Autores Thaisa Joanna Uzan, Ingrid Bernardes Santana Martins,Alexandre Araujo. | |
| Publicação Protein Electrostatics Conferente. |
Data, Vol/Fasc/Pag 26 a 29 de Junho de 2023 Genova, It. |
| Título Probing Mastoparan-like Antimicrobial Peptides and Anionic Model Membrane Affinity Through Structural and Electrostatics Analysis. | |
| Autores Ingrid Bernardes Santana Martins et al. | |
| Publicação Braz J Phys. |
Data, Vol/Fasc/Pag 52, 62 (2022). |
| Título A Method for Detection of Water Permeation Events in Molecular Dynamics Simulations of Lipid Bilayers. | |
| Autores Camilo, C.R.d.S., Ruggiero, J.R. and de Araujo, A.S. | |
| Publicação Membranes. |
Data, Vol/Fasc/Pag 2021, 11(5), 307. |
| Título Modulatory Effects of Acidic pH and Membrane Potential on the Adsorption of pH-Sensitive Peptides to Anionic Lipid Membrane. | |
| Autores Dayane S. Alvares et al. | |
| Publicação Aminoacids. |
Data, Vol/Fasc/Pag 53, pages 753-767 (2021). |
| Título The effect of acidic pH on the adsorption and lytic activity of the peptides Polybia-MP1 and its histidine-containing analog in anionic lipid membrane | |
| Autores Ingrid Bernardes Santana Martins et al. | |
| Publicação Computational and Structural Biotechnology Journal. |
Data, Vol/Fasc/Pag Volume 19, 2021, Pages 2027-2044. |
| Título Comp. study on the allosteric mechanism of Leishmania major IF4E-1 by 4E-interacting protein-1: Unravelling the determinants of m7GTP cap recognition. | |
| Autores Lilian Hernandez-Alvarez et al. | |
| Publicação XLIII Congresso da Sociedade Brasileira de Biofísica, 2018, Santos - SP |
Data, Vol/Fasc/Pag Anais do XLIII Congresso da Sociedade |
| Título Antimicrobial Peptides - Lipid Bilayer Interaction Study by Constant pH Molecular Dynamics Simulations | |
| Autores Carlos R. Camilo, Ingrid B.Santana Martins, Sidney J. de Carvalho, Alexandre Suman de Araujo | |
| Publicação Métodos Computacionais no Estudo de Macromoléculas Biológicas / Editora Livraria da Física |
Data, Vol/Fasc/Pag 2019/v.1, 258 páginas |
| Título Simulações de Dinâmica Molecular Aplicadas a Sistemas Biológicos | |
| Autores Carlos R. Camilo, Ingrid B. S. Martins, Luiz F. da Costa Zonetti, Alexandre Suman de Araujo | |
| Publicação Protein & Peptide Letters |
Data, Vol/Fasc/Pag Volume 25 , Issue 8 , 2018 |
| Título Molecular Aspects of the Dengue Virus Infection Process: A Review | |
| Autores Luiz F.C. Zonetti, Milena C. Coutinho, Alexandre S. de Araujo. | |
| Publicação XLII Brazilian Biophysical Society Congress, 2017, Santos - SP. |
Data, Vol/Fasc/Pag 2017. v.1. p.197 - 197. |
| Título PEPTIDEs CONSTANT PH MOLECULAR DYNAMICS SIMULATIONS. | |
| Autores MARTINS, I. B. S.; CARVALHO, S. J.; de ARAUJO, A. S. | |
| Publicação XLII Brazilian Biophysical Society Congress, 2017, Santos-SP. |
Data, Vol/Fasc/Pag v.1. p.110 - 110. |
| Título EFFECTS OF CURCUMIN ON THE PERMEABILITY OF POPC/CHOLESTEROL BILAYERS: A MOLECULAR DYNAMICS STUDY. | |
| Autores CAMILO, C. R. S.; CABRERA, M. P. S.; de ARAUJO, A. S.; RUGGIERO, J. R. | |
| Publicação XL Encontro Nacional de Fisica da Materia Condensada. |
Data, Vol/Fasc/Pag Livro p.P034 - 2017,Buzios - RJ. |
| Título Computational System Development for Constant pH Molecular Dynamics Simulations. | |
| Autores MARTINS, I. B. S.; CARVALHO, S. J.; de ARAUJO, A. S. | |
| Publicação Journal of Molecular Modeling. |
Data, Vol/Fasc/Pag Dez 2016. |
| Título Structure and functional dynamics characterization of the ion channel of the human respiratory syncytial virus (hRSV) small hydrophobic protein ... | |
| Autores Gabriela C. Araujo; Ricardo H. T. Silva; Luis P. B. Scott; Ronaldo J. Oliveira. | |
| Publicação XVIII Simposio Brasileiro de Quimica Teorica. |
Data, Vol/Fasc/Pag 22 a 25-11-2015. Pirenopolis, GO. |
| Título Desenvolvimento de ferramenta para a insercao com baixa perturbacao de proteinas de membrana em bicamadas lipidicas para simulacoes de Dinamica Molec. | |
| Autores Luiz Fernando da Costa Zonetti, Alexandre Suman de Araujo. | |
| Publicação Revista Processos Quimicos. |
Data, Vol/Fasc/Pag 2015. Vol 9, No 18. |
| Título Desenvolvimento Ferramenta para a Insercao com Baixa Perturbacao de Proteinas de Membrana em Bicamadas Lipidicas para Simulacoes de Dinamica Molec. | |
| Autores Luiz F. C. Zonetti, Alexandre S. Araujo. | |
| Publicação Amino Acids. |
Data, Vol/Fasc/Pag 27-02-2016. Vol. 48, Pags. 1433-1444. |
| Título Effects of N-terminus modifications on the conformation and permeation activities of the synthetic peptide L1A. | |
| Autores Zanin LP, de Araujo AS, Juliano MA, Casella T, Nogueira MC, Ruggiero Neto J. | |
| Publicação Food Chemistry. |
Data, Vol/Fasc/Pag 01-04-2016. Vol. 196, Pags. 935-942. |
| Título An integrated approach with experimental and computational tools outlining the cooperative binding between 2-phenylchromone and human serum albumin. | |
| Autores CARUSO I. P., BARBOSA FILHO J. M., ARAUJO A. S., SOUZA F. P., FOSSEY M. A., CORNELIO M. L.. | |
| Publicação Food Chemistry. |
Data, Vol/Fasc/Pag Volume 196, 1 April 2016, Pages 935-942. |
| Título An integrated approach with experimental and computational tools outlining the cooperative binding between 2-phenylchromone and human serum albumin. | |
| Autores Caruso, Icaro Putinhon; Filho, Jose Maria Barbosa; Araujo, Alexandre Suman de; et al. | |